呼和浩特海关成立于1991年7月6日，2000年12月，机构升格为正（厅）局级。业务辖区包括自治区中西部的呼和浩特市、包头市、乌海市、鄂尔多斯市、巴彦淖尔市、乌兰察布市及锡林郭勒盟、阿拉善盟共8个盟（市），呼和浩特海关业务基本呈区域状分布，关本部坐落于美丽的青城呼和浩特市，除履行职能管理外，主要承担机场、邮局监管任务并办理呼市地区和乌兰察布市范围内的海关业务，业务门类比较齐全；隶属二连海关是国家一类口岸，是我国与蒙古国接壤的最大铁路和公路口岸，也是陆路连接欧亚最捷径的通道。
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