厦门海关是直属国务院海关总署的正局级机构。目前，厦门海关下辖副厅级机构1个（厦门海关缉私局）和处级机构33个，科级机构205个。其中下设8个正处级下属关，即东渡海关、厦门高崎机场海关、象屿保税区海关、泉州海关、石狮海关、漳州海关、东山海关、龙岩海关；1个副处级下属关，即肖厝海关；4个派驻机构，即驻海沧办事处、驻高崎办事处、驻同安办事处和驻邮局办事处。厦门关区管辖范围包括福建省的厦门、泉州、漳州、龙岩4个地级市。辖区面积约占福建全省面积的半壁河山。厦门海关职责，主要担负着对厦门关区进出关境运输工具、货物和物品监督管理，征收税费，查缉走私，编制海关统计和办理其他海关业务的任务。业务门类齐全，现中国大陆海关所有的各类业务厦门海关都有，陆、海、空运输方式均有。有些业务门类是全国海关独有，如大嶝对台小额商品交易市场是全国独一无二；又如出口监管仓入库退税全国只有在厦门海关和深圳海关试点；厦门海关还担负着对金厦直航监管业务；厦门区港联动试点工作正稳步推进，已于2005年下半年验收通过。
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