厦门出入境边防检查总站主要职责：
边检机关是国家设立在对外开放口岸的重要执法力量，担负着维护国家主权、安全和社会秩序，管理人员和交通运输工具出入国境、边境的重要职责。
东渡边检站担负同益、东渡、海天、象屿、石湖山、国贸、现代、刘五店等八个货运码头国际航行船舶及其人员的出入境边防检查任务；高崎边检站担负高崎国际机场国际航班和两岸空中直航航班及其人员的出入境边防检查任务；海沧边检站担负马銮、博坦、嵩屿、国际货柜、海润、石湖山（煤）、海澳、海鸿、厦船重工、唐龙游艇、华夏电力、翔鹭等十二个货运码头国际航行船舶及其人员的出入境边防检查任务；同益边检站担负厦门国际邮轮中心暨厦金客运码头、五通海空联运码头等两个海港客运码头厦金（台）直航客轮、大型邮轮及其人员的出入境边防检查任务。
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