正常寄居在人体体表和开放性腔道中的、对人无害的细菌称为正常菌群。正常菌群的生理作用有：
(1)生物拮抗：正常菌群利用竞争黏附、产生有害代谢产物及营养竞争等机制，作为生物屏障来阻止外来致病微生物突破皮肤、黏膜生理屏障而侵袭机体，并维持正常菌群内部的平衡，以保护机体免受感染。
(2)营养作用：正常菌群能够参与宿主的物质代谢、营养物质转化和合成，主要表现在氮的利用、糖的代谢及维生素的合成。
(3)免疫作用：其作为抗原，既能促进机体免疫器官的发育，又能刺激免疫系统发生免疫应答，产生SIgA、效应T淋巴细胞等免疫效应物质;既可限制正常菌群本身的危害作用，又可对同正常菌群发生交叉反应抗原的致病菌产生一定抑制或杀灭作用。
(4)抗衰老作用：其中某些菌如双歧杆菌、乳杆菌及肠球菌等具有此作用，认为其机制之一是与其产生超氧化物歧化酶(SOD)有关，SOD是一种抗氧化损伤的生物酶，能催化O2-歧化，清除O2-的毒性，以保护组织细胞免受其损伤。
(5)抗肿瘤作用：实验动物研究表明其有一定作用，可能机制是通过自身产生的多种酶类，将某些致癌物或前致癌物转化称无害物质及通过激活巨噬细胞等发挥免疫功能而抑制肿瘤。
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