国务院港澳事务办公室主要职能：
（一）贯彻执行一国两制方针和中央对香港、澳门的政策规定，执行香港特别行政区基本法、澳门特别行政区基本法。
（二）了解香港、澳门的有关情况，提出政策建议。
（三）负责与香港、澳门特别行政区政府的有关工作联系。
（四）承办国务院交办的与香港、澳门有关的法律事宜，就基本法实施涉及的相关法律问题研究提出意见。
（五）负责指导和管理内地与香港、澳门因公往来的有关事务，协同有关部门和地方推动与香港、澳门在经济、科技、文化等领域的交流与合作。
（六）参与拟订对驻香港、澳门中资机构有关管理的政策，参与内地企业和中资机构在香港、澳门的有关协调工作。
（七）对中央驻香港、澳门机构提出的有关事宜提供意见、建议和工作协助。
（八）承办国务院交办的其他事项。
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