中华人民共和国南京海关于1979年1月1日 正式成立。南京海关直属国家海关总署领导，现为正厅（局）级海关, 负责江苏全境的税款征收，货运监管，查缉走私，编制海关统计等海关业务。
主要职责：
1．协助关党组和关领导研究制定关区海关发展规划、业务工作及综合性改革方案并组织推动；研究起草本关区年度工作计划、总结和综合性的请示、报告、领导讲话、会议文件等重要文稿；组织本关区开展政策研究工作；审阅本关各部门、各隶属海关工作报告，负责综合情况。
2．组织落实上级领导和关领导的批示，督促检查并组织落实关领导布置的政务工作。
3．联系机关各处室工作，负责协调各处室之间的工作联系和配合，协调处理涉及多部门的有关事项，围绕关党组中心工作积极推进各项工作的落实。
4．为关党组和关领导工作提供行政辅助服务，协助关领导组织全关重要会议和重大活动，办理关级行政会议和关区关长会议会务，负责各种接待事务的协调管理工作，并负责检查、监督会议决定的贯彻执行情况。
5．研究提出本关区公文处理规程并组织实施，审核以关名义制发的各类文电。
6．组织开展海关政策理论研究和工作对策研究，组织推动重大业务改革的调研，编发政研刊物。
7．负责关区政务信息工作的组织、指导、监督、检查。并具体承办信息的收集整理、分析、传递、呈报和管理。编写海关大事记和各类简报。
8．按照上级要求，研究提出本关区文档和保密管理办法并组织实施，承办本关文电收发印制和立卷归档工作；掌管本关印信；负责本关安全保密工作。
9．负责本关新闻宣传工作，研究提出关区新闻宣传管理办法并组织实施，承办本关新闻发布工作。
10．在省口岸办指导下，就本关口岸事务和大通关工作负责与地方政府口岸主管部门进行联系、沟通、协调。
11．研究提出关区政务信息化管理办法和发展规划、年度计划并组织实施，会同技术处管理关区科技应用项目。
12．接受总署办公厅的业务管理和指导，负责关区办公室系统人员的业务技能培训。
13．归口管理关区的外事工作，负责外事联络和外事接待工作，负责办理本关组团出国任务立项手续。
14．研究提出本关安全生产、值班、维护社会稳定等管理办法并组织实施，承办本关机关值班工作。
15．组织答复省人大代表建议、省政协委员提案。
16．负责机关信访和关区海关外部业务咨询的牵头协调与扎口管理工作，动态评估南京海关业务咨询投诉情况，指导关区各下属单位信访工作。
17．协助关领导处理日常事务，建立和维护本关机关日常工作秩序，并负责本关对外联系、对外沟通及海关社会公关工作。
18．协助关党组和关领导负责处理各项突发性事件。
19．联系海关学会工作。
20．办理关党组和关领导交办的其他工作。
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