福建专员办主要职责：
1、监督检查有关部门和单位执行国家财税政策、法规的情况；反映中央财政收支管理中的重大问题；提出加强中央财政管理的相关建议。
2、实施中央财政收入监管。查处应征不征、越权减免、违规退付或调整中央预算收入等问题；开展中央预算收入对账、分析工作；征收、监缴中央财政非税性预算收入；办理收入退库事项的审查审批。
3、实施中央财政支出监管。办理国库管理制度改革中有关试点资金的支付审核、中央财政直接拨付资金的支付审核、有关单位申请中央财政专项补贴（补助资金）的事前审核等事项；监督检查中央财政支出资金的管理使用情况；开展中央驻闽二级以下预算单位银行账户监管和财务监管工作。
4、监督检查中央驻闽二级以下预算单位及有关企业的会计信息质量。
5、监督检查有关会计师事务所及其注册会计师的执业质量。
6、监督检查驻闽中央级金融单位国有资产管理及会计核算等情况。
7、承办财政部交办的其他事项。
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