国家海洋局南海分局是国家海洋局设在南海的海洋行政管理机构，其主要任务是按照国家有关法规、规定，代表国家海洋局履行在南海区的海洋行政管理职能，在海区组织开展海洋行政管理、执法监督和公益服务等项工作，主要职责是：
一．承担海洋听证、行政复议等相关工作。
二．承担国家海洋经济区海洋经济运行监测、评估及信息发布工作，组织开展海区海洋领域节能减排、应对气候变化等工作。
三．承担海区海域使用的监督管理，负责海区海底电缆管道铺设的审批管理。
四．承担海区海岛保护和无居民海岛使用的监督管理。
五．承担海区海洋环境保护的责任。监督管理海洋油气勘探开发、海洋倾废和局核准的海洋工程建设项目的环境保护工作；管理领海外等海域的海洋保护区，承担海区海洋环境突发事件的应急管理和海洋生态损害的国家索赔。
六．承担海区海洋基础与综合调查，监督管理海区海洋信息、海洋资料、海洋标准计量工作，推进海区科技兴海和公众海洋宣传教育工作。
七．承担海区海洋环境监视、监测和观测预报体系的管理，发布海区海洋环境通报、公报、预报和海洋灾害预警报；监督管理海区防灾减灾工。
八．承担海区涉外海洋科学调查研究活动和涉外海洋设施建造、海底工程和其他开发活动的监督管理，承担有关海洋事务的国际合作与交流。
九．负责中国海监南海总队队伍建设和管理，承担海区海洋行政执法、维权执法工作，依法查处违法活动，负责船舶、飞机、陆岸设施管理和通信、机要保障工作。
十．承担国家海洋局交办的其他事项。
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