交通部长江航务管理局主要职责：
(一)贯彻国家水路交通行业发展战略、方针政策和法规，组织或参与长江干线航运有关规章草案的拟定工作，按法定程序批准后负责监督实施；拟定长江干线航运发展战略，组织编制长江干线航运中长期规划和五年计划，报交通部批准后监督实施。
(二)负责长江干线航运行政管理；负责长江干线航运市场宏观调控和秩序监督管理；规范长江干线水运建设市场，维护平等竞争秩序；负责长江干线港航设施建设和使用岸线布局的行业管理；组织长江干线国家重点物资和紧急物资运输；协助军事物资运输；负责长江干线水运规费稽征。
(三)负责长江干线客货运输质量、航运基础设施工程项目和水运工程质量的监督管理。
(四)负责长江干线航道、枢纽通航、通信、引航、卫生监督等管理工作。
(五)按规定管理长江干线水上安全监督和航运公安工作。
(六)协调长江水系各省(市)交通厅(局)及其航务管理机构、港口管理机构的相关业务工作；协调长江水系水资源综合开发中的有关航运工作。
(七)指导长江干线水运行业体制改革、法制建设和结构调整；组织航运重大科技开发、推动行业技术进步；负责长江干线水运行业相关的统计和信息引导；负责政府间长江干线航运涉外工作，指导利用外资工作；开展国际间内河运输经济技术合作与交流；指导长江干线航运信息化和职工教育工作。
(八)负责局机关和直属单位的年度固定资产投资计划、财务管理和审计监督工作。
(九)负责局机关和直属单位人事、劳动工资、机构编制管理工作；按规定管理直属单位领导干部；负责直属单位党的建设、廉政建设和思想政治工作，指导长江干线水运行业精神文明建设和职工队伍建设工作。
(十)承办交通部交办的其它事项。
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