食品科技学院渊源于1921年成立的东南大学农产制造门和1927年创办的中央大学农产制造系、食品工业系，1952年食品工业系与浙江大学农化系、江南大学食品系合并到南京工学院，保留的部分师资并入南京农学院农学系和园艺系。1985年学校在全国农业院校中率先成立了食品科学系，1996年成立了食品科技学院。
学院拥有博士学位食品科学与工程一级学科授予权，1个博士后流动站，1个国家重点(培育)学科，1个江苏省一级学科重点学科，1个江苏省优势学科，1个江苏省二级学科重点学科，2个校级重点学科，4个博士点，5个硕士点。拥有国家工程技术中心、中美联合研究中心，江苏省协同创新中心，农业部重点开放实验室，农业部农产品风险评估实验室，农业部检测中心，教育部重点开放实验室，江苏省工程技术中心等国家和部省级平台8个，8个校级研究室。拥有1个省级实验教学示范中心，2个院级教学实验中心(包括8个基础实验室和3个食品加工中试工厂)。学院下设食品科学与工程、生物工程、食品质量与安全3个系，下设的食品科学与工程、生物工程、食品质量与安全3个本科专业，其中食品科学与工程为国家级特色专业，生物工程、食品质量与安全为省级特色专业。目前在校本科生700余人，研究生400余人。
学院现有教职工93名，专职教学科研人员60人，其中教授22人，副教授22人，博士生导师21人，硕士生导师39人，具有博士、硕士学位的教职工占90%以上，2002年被评为江苏 省高校青蓝工程省级优秀学科梯队。
近10年，学院先后承担和完成国家自然科学基金、国家863、国家十一五支撑项目、部省级课题及横向课题研究150余项;荣获国家和部省级科技进步奖30多项，获国家专利100多项，在国际学术刊物上发表论文600余篇(其中500余篇被SCI、EI等收录和引用)，国内学术刊物上发表论文1000余篇，出版专著10余部，教材20余部。国家一级学会----中国畜产品加工研究会挂靠在本校。学院注重科研成果的开发与转化，先后在北京、江苏、浙江、山东、安徽、江西、甘肃等地开展产学研合作，取得了显著的社会效益和经济效益。
学院注重拓展海内外科技合作关系，曾多次承办国内外大型学术会议，接待美国、日本、加拿大、荷兰、澳大利亚、韩国等专家教授前来讲学，与法国里尔科技大学、法国巴黎高科、俄罗斯圣彼得堡工程大学建立交换留学生关系。除学校所设的各类奖学金外，一批在食品行业有影响的公司也在学院设立了ADM、雨润、新希望六和、桂花鸭、东方生工、艾博、精气神、苏食等奖学金和奖教金。
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