根据省委、省人民政府《关于印发（湖南省人民政府机构改革方案的实施意见）的通知》（湘发[2000]11号）和省机构编制委员会湘编[2000]1号文件精神，省畜牧局和省水产局合并，组建湖南省畜牧水产局。省畜牧水产局为省农业厅管理的副厅级事业单位，根据省人民政府授权，主管全省畜牧业和渔业。
一、职能调整
（一）强化的职能加强畜牧业、渔业产业化政策研究，拟定产业化经营的方针政策、实施规划，引导产业结构调整和资源合理配置。
（二）交给市、州人民政府承担的工作。：将省属岳阳、益阳、常德、衡阳、长沙、怀化、邵阳六个渔船检验站承担的渔船检验、渔船安全监督管理职能交给所在市人民政府。上述各站管理范围和职责仍按省农业厅、省编委《关于渔业船舶检验与安全监督管理机构有关问题的通知》（湘农业[1991]渔字120号）规定不变。
二、主要职责根据以上职能调整，省畜牧水产局的主要职责是：
（一）研究拟定全省畜牧业和渔业发展战略、中长期发展规划、年度指导性计划，经批准后组织实施。
（二）研究提出全省畜牧业、渔业发展政策建议，引导产业结构合理调整和资源合理配置；参与研究拟定畜牧业和渔业法规。规章草案，参与制定饲料工业发展规划及政策。
（三）研究拟定全省畜牧业、渔业产业化发展规划，推进产前、产中、产后一体化；研究提出全省畜牧业、渔业产品加工业发展建议；预测并发布畜牧业和渔业生产资料、产品供求情况等经济信息，指导行业信息网络建设。
（四）研究拟定全省畜牧业、渔业科技发展规划；组织重大科研和技术推广；指导畜牧水产技术推广体系建设；拟定地方性畜牧业和渔业种苗、产品、兽药、饲料药物添加剂质量标准和技术标准经批准后监督执行，参与制定饲料和饲料添加剂质量标准和技术标准。
（五）负责全省种畜禽、水产种苗、牧草种子、兽药、兽医医疗器械、饲料药物添加剂的质量监测、鉴定和执法监督管理。
（六）负责地方畜禽、水产品种资源保护与开发利用，负责畜产资源、草地资源保护、开发利用和监督管理。
（七）负责全省渔业行政执法监督管理，保护渔业资源；负责渔船检验和渔船渔港安全监督管理；负责渔业水域生态环境及水生野生动植物保护。
（八）按照有关规定，负责全省兽医医政、兽药药政药检工作，承担动物及动物产品检疫（不含出入境口岸动物检疫）和动物防疫及其监督、监测、预报、发布动物疫情，组织实施动物疫病的控制与扑灭。
（九）按照权限管理畜牧业、渔业专项资金，提出专项资金安排计划，组织畜牧业和渔业重大项目的申报、审核。
（十）承办省委、省人民政府和省农业厅交办的其他事项。
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