上海渔港监督机构与上海渔业船舶检验机构是经上海市政府批准的全额拨款的事业单位，自成立以来，以两块牌子，一套班子，合署办公。业务隶属中华人民共和国渔政渔港监督管理局和中华人民共和国渔业船舶检验局领导，行政隶属上海市农委领导。属条块结合的双重管理体制。
上海渔港监督局主要任务是负责上海地区渔业港区的航政管理，职务和普通船员的考试、发证，渔业船舶的进出港签证和海损事故的调查处理。
其主要职责：按照中华人民共和国的《渔业法》、《海上交通安全法》及《渔港水域交通安全管理条例》等法律、法规、规章，受理渔业船舶的所有权、抵押权、租赁和报废的登记和注册，核发相应证书；
负责实施对渔业船舶职务船员和普通船员的考试、审证、发证等工作；对进出港渔业船舶签证和渔港水域环境保护；
征收国家规定的港航规费；
对渔业船舶监督安全检查，对违章渔船和船员按章处罚；
宣传渔业船舶参加保险；
负责渔业船舶海损事故的调查处理；
监督航道和助航标志，维护港航秩序；
按规定处理涉外海事，维护国家和渔民的权益。
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