国家海洋局是国土资源部管理的监督管理海域使用和海洋环境保护、依法维护海洋权益、组织海洋科技研究的行政机构。
(一)办公室财务司
协助局领导处理日常政务;负责文电、会务、机要、档案、安全、保密、信访、维稳等机关日常运转工作;归口管理新闻发布、公众宣教、政务信息和电子政务工作;负责局行政审批事项的受理和督办工作;负责局应急管理工作;负责管理局机要业务;承担全国人大、政协议案、提案的办理工作;负责机关财务和资产管理;组织编制部门预决算，监督管理局预算执行、各项经费使用和国有资产;组织实施政府采购;承办局领导交办的其他事项。
(二)政策法规和规划司
拟订国家海洋战略、政策;会同有关部门建立和完善海洋管理有关制度;组织拟订并监督实施海洋事业发展、海洋经济发展、海洋主体功能区、海洋信息化等规划;承担海洋经济运行监测、统计、核算、评估及信息发布工作;提出优化海洋经济结构、调整产业布局的建议;起草海岸带、海岛、内海、领海、毗连区、专属经济区、大陆架及其他管辖海域法律法规草案;承担行政执法监督、行政复议和行政应诉工作;负责局基本建设的规划和管理;承办局领导交办的其他事项。
(三)海域管理司
承担海洋开发利用的综合协调，拟订海域使用管理政策与技术规范，编制并实施海洋功能区划，承担海域使用监视监测、论证评估、项目审核、使用权登记、使用金征收等工作，审核和管理海底电缆管道铺设，承担海域界线管理工作。
(四)海岛管理司
拟订海岛管理政策与技术规范，编制并实施海岛保护规划，承担海岛使用的论证评估和无居民海岛使用权出让、登记和使用金征收等工作，承担海岛名称管理有关工作，承担海岛综合调查和监视监测工作。
(五)海洋环境保护司
承担海洋环境保护事务的综合协调工作;拟订海洋环境保护工作战略和方针政策;拟订海洋环境保护与整治规划、标准、规范;组织开展海洋环境的监测、监视与评价，编制国家海洋专项环境信息;拟订污染物排海标准和总量控制制度;承担海洋工程建设项目、海洋油气勘探开发和海洋倾废对海洋环境污染损害的防治工作，承担海洋生态损害的国家索赔工作;组织编制并实施溢油和赤潮应急预案;监督海洋生物多样性和海洋生态环境保护;监督管理海洋自然保护区和特别保护区;组织全国海洋环境监测、监视网络，监督陆源污染物排海;组织开展海洋领域节能减排工作;拟订海洋技术标准、计量、规范和办法;承办局领导交办的其他事项。
(六)海洋科学技术司
承担海洋科研的综合协调工作;拟订海洋科技发展规划和政策;承担实施科技兴海战略的有关工作;会同推进海洋科技体制改革;组织开展海洋科学技术研究与应用，推进海洋科技创新;组织实施海洋调查与评价工作;组织实施海水利用和海洋可再生能源研发、应用和管理;组织开展军事海洋学研究;承担科技平台和数字海洋建设;承担海洋卫星和地面系统的建设与管理工作;承担海洋科技成果、知识产权管理和技术引进工作;承担局领导交办的其他事项。
(七)海洋预报减灾司
拟订海洋观测预报及海洋防灾减灾的政策规划和技术规范;建设和管理全国海洋观测预报网络;组织开展海洋领域应对气候变化工作;组织实施专项海洋环境安全保障体系的建设和日常运行的管理;承担海洋观测、预报和评价的管理工作;组织实施海洋断面调查工作;组织编制并实施海洋灾害应急预案;负责海洋预报警报和海洋灾害信息发布工作;编制海洋灾害和海平面公报;指导开展海洋自然灾害影响评估工作;承办局领导交办的其他事项。
(八)国际合作司(港澳台办公室)
拟订并监督实施维护海洋权益的规划、政策、措施和国际国内相关法律法规的配套制度，组织开展相关战略研究;负责履行有关的国际海洋公约、条约相关工作;参与全球海洋和地区海洋事务;监督管理涉外海洋科学研究活动以及涉外海洋设施建造、海底工程和其他开发活动;提出与周边国家海洋划界、共同开发、岛屿争端等问题的对策建议，参与相关维权事件的处置与谈判;组织开展对外及对港澳台海洋事务的合作与交流;负责外事管理工作;承办局领导交办的其他事项。
(九)人事司
承办机关及直属单位的人事管理和机构编制事项;组织拟订并监督实施海洋人才队伍建设规划和有关政策;承担教育培训和专业技术人员资格评审的相关工作;指导开展海洋行业各类资质、执业资格和职业技能鉴定工作;承办驻外机构人员选派和国外智力引进工作;承办局领导交办的其他事项。
(十)直属机关党委
负责机关和直属单位党的思想建设、组织建设、作风建设、制度建设、反腐倡廉建设;指导局属单位领导班子思想政治建设工作;负责局属单位党委换届工作;负责精神文明和海洋文化建设的有关工作;领导工会、共青团、妇女、统战、侨务工作;承办上级党的机关和局党组交办的其他事项。
机关纪委负责局机关及直管单位纪检工作;调查处理局机关及直管单位党组织和处级以下党员违反党章和其他党内法规的案件;受理处级以下党员的控告和申诉。
(十一)纪委、监察专员办公室
监督检查党的路线、方针、政策和决议在全局的执行情况;协助局党组加强党风廉政建设和组织协调反腐败工作;领导局系统党的纪律检查工作;对党员领导干部行使权力进行监督;检查和处理全局党的组织和司局级党员干部违反党的章程和其他党内法规的案件，决定或取消对这些案件中党员的处分;受理党员的控告和申诉;承办中央纪委和局党组交办的其他事项。
(十二)离退休干部办公室
负责机关离退休人员的管理和服务工作;指导直属单位的离退休工作;负责机关离退休人员党支部建设、精神文明建设和思想政治工作;负责局机关离退休干部活动中心(站、室)建设，组织开展离退休人员文体活动;承办局领导交办的其他事项。
(十三)审计办公室
1、拟订并监督实施局系统内部审计工作制度、办法。
2、承担对局本级财务的审计监督工作。
3、审计局属单位财务收支、资产管理使用和经济效益。
4、组织局管理的有关财政、财务收支等特定事项的专项审计调查。
5、组织实施对局属单位主要负责人的经济责任审计。
6、指导监督局属单位内部审计。
7、承办局领导交办的其他事项。
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