1、建设与管理司
指导水利设施、河道、湖泊、水域及其岸线的管理和保护，指导江河、湖泊的治理和开发和管理。指导水利工程建设管理，负责水利工程质量监督管理，组织指导水利工程开工审批、蓄水安全鉴定和验收。组织编制水库运行调度规程，指导水库、水电站大坝、堤防、水闸等水利工程的运行管理与确权划界。组织实施具有控制性的或跨省(自治区、直辖市)及跨流域的重要水利工程建设与运行管理。指导大江大河干堤、重要病险水库、重要水闸的除险加固，组织实施中央投资的病险水库、水闸除险加固工程的建设管理。指导水利建设市场的监督管理，负责水利建设市场准入、项目法人组建、工程招标投标、建设监理、工程造价和工程质量检测的监督管理，组织指导水利建设市场信用体系建设。组织指导河道采砂管理，指导河道管理范围内建设项目管理有关工作，组织实施河道管理范围内工程建设方案审查制度。承担水利部援藏工作领导小组办公室的日常工作。
2、安全监督司
组织拟订法规、政策和技术标准并监督实施;指导安全生产工作;组织开展检查和专项督查、水利工程建设安全生产和水库、水电站大坝等水工程安全的监督管理和检查。组织落实水利工程项目安全设施三同时制度、水利工程项目安全评价工作;监督管理水利安全生产社会中介机构，负责管理水利生产经营单位主要负责人和安全管理人员的安全资格考核工作。组织或参与重大水利生产安全事故的调查处理。指导水利行业稽查工作。组织或参与调查水利建设项目违规违纪事件，并按照规定提出处理意见。
3、国家防汛抗旱总指挥部办公室
组织、协调、指导、监督全国防汛抗旱工作。组织协调指导台风、山洪等灾害防御和城市防洪工作。负责对重要江河湖泊和重要水工程实施防汛抗旱调度和应急水量调度。编制国家防汛抗旱应急预案并组织实施，组织编制、实施全国大江大河大湖及重要水工程防御洪水方案、洪水调度方案、水量应急调度方案和全国重点干旱地区及重点缺水城市抗旱预案等防汛抗旱应急专项预案。负责组织实施国家防汛抗旱指挥系统建设，组织开展全国防汛抗旱工作评估工作。承办国家防汛抗旱总指挥部和水利部领导交办的其他事项。
4、直属机关党委、离退休干部局
负责部机关及在京直属单位党群工作。宣传贯彻党的路线、方针、政策，组织部机关及在京直属单位党员政治理论学习，编制局处级党员领导干部政治理论培训计划并组织实施。指导所属各级党组织做好党员发展、管理和统战工作，以及党员、群众的思想政治工作。负责直属机关纪律检查和党风廉政建设工作;组织协调反腐败工作;受理所属党组织党员的检举、控告和申诉;检查、处理水利部直属机关党组织和党员违反党纪的案件，按干部管理权限审批党员违反党纪的处理决定。领导部直属机关工会、共青团、妇女工作委员会等群众组织，指导各群众组织依照章程开展工作。指导水利部精神文明建设指导委员会办公室和水利部党风廉政建设领导小组办公室的工作。
贯彻党中央、国务院有关离退休干部工作的方针、政策, 组织拟订实施办法。组织落实水利部部机关离退休干部的政治和生活待遇，引导离退休干部发挥积极作用。承担部机关离退休干部经费管理工作。负责部机关离退休干部日常服务管理工作。负责部机关老干部活动站的建设和管理工作，指导水利部老年大学和老干部活动中心工作，组织部机关离退休干部开展文化体育活动。
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