大多数企事业单位在实现会计电算化的过程中，购买通用的商品化会计软件，基于会计软件通用性的特点，各单位使用软件进行日常业务核算前，需要针对本单位的业务性质及会计核算与决策管理的特点进行具体设定，即账务初始化，将通用账务处理系统转化成适合本单位的专用账务处理系统。系统初始化设置工作可分为前期基础工作、初始化设置及初始化校验三部分。
一、前期基础工作
由于电算化核算在信息处理、业务流程和信息存储等方面与手工核算相比有很大的不同，因此在使用会计软件进行会计工作前，必须为电算化会计核算制定明确的管理制度和适合本单位日常核算的方法以及收集初始资料。
（一）会计核算制度的建设
会计核算制度的建设，主要是通过制定合理的会计分工和核算流程的规范化来保证基础数据的准确完整，以及会计处理方法的标准统一。会计核算制度的建设要处理好以下两方面的工作：
首先，设计数据收集和传递的方式。使用会计软件后，数据的流动性和共享性大大提高，如果数据收集不及时，或数据传递不恰当，都会影响软件的实际效能。因此企业必须结合自身业务特点以及软件功能，设计制定具体的、明晰的数据收集和传递方式，在保证安全性的前提下提高数据的共享性。
其次，规范会计核算方法。计算机处理会计业务与手工会计的最大区别在于计算机无法处理不规则、不规范的会计数据，因此必须对原有的会计核算从方法到数据进行全面的整理，提高会计核算的规范化水平。比如对原来使用的会计凭证、账簿以及报表，从格式和内容上进行全面清理，从有利于发挥软件功能的角度出发制定标准化的填制要求。同时应按照新的业务核算流程制定具体的岗位责任制度，实现岗位的合理分工和互相牵制。
（二）会计电算化管理制度的建设
实施会计电算化后，手工核算方式下的管理制度，将失去其原有的控制效能，例如，会计软件开发时允许反结账、反登账、反审核设置，使部分工作人员在更正错误时不用手工核算中采用的红字冲销法或者补充更正法。
在这种情况下，会计信息被改动，则难以发现。因此，必然要求企业对原有的管理制度进行修改、完善，建立起与会计电算化相适应的内部控制制度，主要包括建立会计电算化操作使用管理制度、会计电算化系统维护制度及会计电算化档案管理制度。
（三）资料的收集与整理
在会计软件使用中，为了实现设计功能，需要一些比较详细的企业资料，如手工账中的会计科目和各科目的余额，从年度中间开始建账的还需要收集各科目的累计发生额、年初余额。所以需要预先从手工账中整理各级科目的名称、层次、余额、发生额，避免遗漏，保证初始化输入的数据准确。
二、初始化设置阶段
（一）建立财务核算系统框架
建立本单位的会计核算体系是财务处理系统初始化设置的第一步，其目的是使财务管理系统适应本单位会计核算体系的基本要求。建立会计核算体系的工作主要包括：
1．创建账套。任何会计数据都必须在明确会计核算前提基础上获得，因此创建账套过程中，应依据企业名称设置账套名称，在输出有关账簿、报表等会计资料时，系统会以默认的方式将账套名称打印在输出材料上。依据企业生产经营周期设置会计期间，依据交易结算的常用币别设置记账本位币。值得注意的是对账套选项的设置一定要慎重，一旦账套创建完成，除账套名称外，其他账套参数不能被修改。
2．增加操作员及其权限。增加操作员及其权限设置应由系统管理员完成，操作员是允许使用会计电算化系统的人员，在系统中对操作员的权限进行设置是实现会计电算化下的职责分工，强化内部控制的重要手段。授权时应考虑数据传递流程，保证各负其责、流程顺畅。此外，通过操作员权限的设置，还应使得不同会计岗位之间具有互相牵制与监督的作用，对操作密码要严格管理，操作员定期更换密码，密码设置不能过于简单和有规律性，防止被人盗用。操作人员离开机器时，应执行相应的命令安全退出系统。
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