发票合法性的审核主要包括以下几个方面：
一、从票据填制的内容和加盖的印章进行审核
1.发票填制的内容是否与发票种类相符合。
2.发票加盖的印章是否与票据的种类相符合。报销发票加盖的印章一般是发票专用章，根据《发票管理办法》，报销票据加盖发票专用章。
3.票据的属地、职能是否与票据上加盖的印章相符合。
4.票据客户名称填写是否与报账单位名称相一致。
5.从票据印制的所属日期与实际开票日期查验是否属过期作废票据。发票印制的所属日期可以从发票右上角的发票代码第6、7位查验出发票的年份，如果一张票据印制所属日期是2011年，开票日期却是2012年2月16日，显然这样的过期作废票据也是不能报销的。
6.同一本票据号码的排列先后顺序与该票据的填制日期是否合理。
7.票据的大小写金额填写是否相符以及金额是否正确。
8.发票填制字迹、笔体、笔画的精细、压痕是否异常。
9.发票填写位置是否存在位移。所谓位移，也就是第二联经复写后，票据上的文字或数字出现错位，如一张票据大写金额是6 000元，小写金额是60 000元，这样的票据也是不合规票据，因为税务机关指定的企业在印制装订发票时，各联次纵横行列都是对齐的，有固定位置，不会出现位移现象。
10.报销票据是否属白条、收据。所谓白条收据是指报纸杂志订阅单、培训费收据、政府部门收费收据等，这种以收据、白条代替发票或基金票据使用的，其目的是偷逃税款或私设小金库，显然这样的票据也是不能报销的。
二、从报销票据所附清单及有关审批手续进行审核
1.报销发票所附清单的审核。对于会议费报销票据必须分项注明住宿费、餐费、场地使用费等内容，并附上宾馆所开具的原始单据。汽车维修费报销须注明修车单位、车牌号、维修零配件、维修工时等内容。如果零配件更换较多，也要附上明细清单。
2.资本性支出报销票据的审核。
3.报销票据有关人员签名、签署意见及事由的审核。首先要鉴别领导签字是否与印鉴卡的签字相一致，领导签名要签全名，领导签署意见应注明本人意见，如同意等，不可只签名字不签意见；实报金额与票面金额不一致时应由领导签字注明实报金额；其次是审查经办人、验收人以及财务联系人的签字是否签齐全；最后要审查报销票据是否注明事由。
三、从报销发票本身的防伪性能来鉴别发票的真假
1.借助紫光灯来鉴别发票的真假。
2.根据票据本身的制作，鉴别其是否属国家正规特制票据。正规发票通过光线照射，里面会出现水印、不规则发明短光线、特制花纹等图案。假发票则通过光线照射没有这些防伪标记或者防伪标记模糊不清。
3.根据票据的印制特征进行鉴别。
4.根据发票代码及号码进行审验。新版普通发票右上角有两排数字，上面一排是发票代码，下面一排是发票号码。发票代码以12位数码表示，第1位代码表示发票所属机构代码，即0为总局，1为国税局，2为地税局；第2至5代码是表示行政区域统一代码，以全国行政区域统一代码为准，如：河南省行政区域代码是4100，郑州市4101，开封市4102，许昌市4110；第6、7位表示年份代码；第8位代码表示所属行业代码；第9、10、11位代码表示所属行业具体排序码；第12位代码表示为票号循环码。发票号码以8位数码表示，为每一种发票在每年度中的排序。
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