1919年南开大学创建伊始，即设置有历史学门。20世纪20年代初期，着名社会活动家和历史学家梁启超来南开大学讲学，在历史班授课，着名的 《历史研究法》一书，就是在其授课讲义的基础上编撰而成的。1923年，南开大学正式建立历史系。1994年，历史系被国家教委确定为首批国家文科基础学 科人才培养和科研基地。1996年，历史学科更被国家教委确定为211工程首批立项建设的单位。
目前，历史学院拥有8个二级学科，它们是：中国古代史、中国近现代史、世界史、专门史、史学理论及史学史、考古与博物馆学、历史文献学、历史地理学，下辖20个专业，9个博士点，20个硕士点，基本上涵盖了史学领域的各个方面。
历史学院拥有8个二级学科。全院下辖，历史学系、世界史学系、文物与博物馆学系、历史研究所、中国近现代史研究所、古籍与文化研究所、日本史研究中心，美国历史与文化研究中心、拉丁美洲研究中心。系、所、中心之下又有若干个教研室、研究室。
南开大学世界史专业涉及相当广泛的研究领域，尤其在世界古代中世纪史(含：拜占庭学)、美国史、日本史、拉丁美洲史四个研究方向在国内享有盛 誉，在国际上也有很大的影响。举一个简单的例子：美国史近两届获得博士学位的年轻学人中，有四人的博士论文在美国用英文出版，在美国史学界产生很大的影 响，就目前来说，在国内的世界史研究机构中，这是仅有的，可以说，南开大学世界史学科几乎涵盖了从断代史到地区国别史的各个方向。
世界古代中世纪史：涉及古希腊罗马史、拜占庭史、基督教史和阿拉伯伊斯兰文明史等研究方向。古希腊罗马史学科在国内的地位举足轻重，学术带头人 王敦书先生是世界古代中世纪史研究会的理事长，史届泰斗雷海宗(解放前在清华大学与陈寅恪等大师齐名)的关门弟子，国内罗马史的权威。遗憾地是王先生已经 退休，但仍然为本科生和研究生开设西方史学名着选读课程，所以我们还能听到老先生略带伦敦口音的英语授课。
拜占庭学在国内首屈一指，学术带头人陈志强先生(希腊亚里士多德大学博士)，是国际拜占庭学会中国首席代表，成为中国冲击这一世界显学的支柱。 另外改方向组建了东欧拜占庭研究中心，汇集了国内相当丰富的有关拜占庭的英文、希腊文等外文研究资料和检索系统，为有志于从事学术研究的学子奠定了坚实的 基础。哈全安教授主要指导阿拉伯史的研究方向，但近年来逐渐转向中东地区现代化的比较研究，尤其是伊朗、埃及和沙特阿拉伯现代化的研究，如果对中东变幻莫 测的历史进程颇感兴趣的你，可以选择哈老师。
美国史：中国美国史学科开拓者之一的杨生茂先生(80年代初参与创建中国美国史研究会，并担任副理事长)在南开大学执掌教席凡40余年。美国史 专业设在美国历史与文化研究中心，现任主任李剑鸣教授，担任美国史研究会的理事长，是国内公认的美国史权威，主要从事美国早期史、美国种族关系史、美国史 学史等的研究。
韩铁教授2002年由国外来到南开大学，曾在国内另一美国史研究重镇武汉大学任教，后在美国获得博士学位，并定居在加拿大，主要从事美国经济史 和美国法律史的研究。美国史其他的研究方向：美国外交史、中美关系史、美国宪政史、加拿大史等。另外，2005年，美国中心将招生美国学的硕士研究 生，这也是目前国内唯一的美国学博士、硕士点，开展对当代美国的综合性研究，成为美国中心学科建设的新的增长点。
日本史：日本史学科设立于1964年，经历从日本史研究室到日本研究中心，再到日本研究院的巨大变化。现在，日本研究院成为融日本史、日本经 济、日本政治和国际关系研究于一体的综合性日本学研究机构。该研究方向的几位博士生导师，均是中国日本史研究会的副理事长，综合实力在国内是第一流 的。每年均有相当比例的研究生获得去日本大学完成学位的机会。有一点需要注意：日本史学科有要求相当高的日语要求，以为公共外语只考日语，2005虽然也 招收英语考生，但相对日语考生无论在录取，还是未来的学习中都处劣势。
拉丁美洲史：拉美史也诞生于1964年，1994年成立拉丁美洲研究中心，成为在教育部指导下协调全国拉美史研究的唯一研究机构。洪国起教授担 任拉美史研究会的理事长，中心主任王晓德缴获搜担任副理事长。不用说，拉美史的研究实力在全国也是无人能及的(当然，如果说到当代拉美研究，中国社科院拉 美研究所的实力也很强大，它主要招收国际关系和世界经济学科下的考生)。南开的拉美史招收英语考生，不会西班牙语和葡萄牙语的考生不用担心，从近几年的情 况看，录取的拉美史考生均是英语考生，而西班牙语的学习则在研究生阶段短期密集的强化训练(大约一年)。拉美史主要的研究领域：拉美政治经济一体化、美国 与拉美关系等方向。
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