追溯历史，四川大学华西临床医学院/华西医院起源于由英国、美国、加拿大等国的基督教会1892年在成都创建的仁济、存仁医院。
1914年，英国、美国、加拿大的基督教会在成都建立私立华西协合大学，以此为基础建立医科，并将仁济、存仁医院作为教学医院。
1937年，抗日战争全面爆发，南京的中央大学、金陵大学、金陵女子文理学院，北平的燕京大学、协和医学院，苏州的东吴大学，济南的齐鲁大学等战区大学内迁成都华西坝，与华西协合大学联合办学、联合办医。是时，华西坝大师云集，名医荟萃，学术盛况空前。
1938年7月1日，组建华大、中大、齐大三大学联合医院，抗战胜利后，联合医院摘牌。
1946年，华西协合大学新医院在国学巷(现址)建成使用，简称大学医院或华西医院。
年，新中国人民政府接管华西协合大学，更名华西大学，医院同时被接办。
1953年华西大学经院系调整为四川医学院，医院改名四川医学院附属医院，简称川医。
1985年四川医学院更名为华西医科大学，医院随之更名为华西医科大学附属第一医院。
2000年10月，四川大学与华西医科大学合并，2001年5月，医院更名为四川大学华西临床医学院/华西医院。
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