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1、在疾病诊断上的运用
(一)在生理方面的应用
(1)说明五脏的生理功能
(2)说明五脏之间的相互关系
(二)诊断上的应用
1、根据本脏所主色、味、脉诊断本脏的病变。
如面见青色，喜食酸味，脉见弦象，可以诊断为肝病;面见赤色，口味苦，脉象洪，可以诊断为心火亢盛。
2、根据他脏所主之色分析五脏疾病的传变。如脾虚的病人，面见青色，为木来乘土;心脏病人，面见黑色，为水来克火，等等。一般有相克、相侮，子病及母、母病及子的传变方式。
3、根据色与脉的生克关系判断疾病的预后。如肝病色青见弦脉，为色脉相符;如果不得弦脉反见浮脉则属相胜之脉，即克色之脉(金克木)，为逆，预后不良;若得沉脉则属相生之脉，即生色之脉(水生木)，为顺，预后良好。
(三)在疾病治疗上的运用
1.控制疾病的传变
疾病的传变，多见一脏受病，波及他脏而导致疾病发生传变。因此，在治疗时，除对本病本脏进行处理外，还应根据五行的生克乘侮规律，来调整各脏之间的相互关系，确定预防性治疗措施，有太过者泻之，不及者补之，以控制其传变。如肝气太过，木旺克土，此时应先健脾胃以防其传变，脾胃不伤，易于痊愈。
《难经七十七难》提出的见肝之病，则知肝传脾，当先实脾。
2.根据相生规律确定治则治法
治则：临床上运用相生规律来治疗疾病，其基本治疗原则是补母和泻子，即所谓虚则补其母，实则泻其子。
治法：滋水涵木法、益火补土法、培土生金法、金水相生法
滋水涵木法：是滋养肾阴以养肝阴法。
培土生金法：是通过用补益脾肺法。
益火补土法：是温肾阳而补脾阳的一种方法，又称温肾健脾法、温补脾肾法。适用于肾阳不足而致脾阳不振之证而达到补益肺气的方法，又称补养脾肺法。适用于脾胃虚弱，不能滋养肺脏而肺虚脾弱之候。
金水相生法：是滋养肺肾阴虚的一种治疗方法，又称补肺滋肾法、滋养肺肾法。金水相生是肺肾同治的方法，有金能生水，水能润金之妙(《时病论》)。适用于肺虚不能输布津液以滋肾，或肾阴不足，不能上滋于肺，而致肺肾阴虚者。
3.根据相克规律确定治则治法
治则：根据相克关系确定治疗原则，主要为抑强扶弱。
治法
抑木扶土法：是以疏肝健脾药治疗肝旺脾虚的一种方法，又称疏肝健脾法、平肝和胃法、调理肝脾法。适用于木旺乘土，木不疏土之证。
培土制水法：又称敦土利水法。是健脾利水的方法。适用于脾虚不运，水湿泛滥而致水肿胀满之证。
佐金平木法：滋肺清肝法，上滋肺阴清肝火以治疗肝火犯肺病的治法。主要用于肺阴不足，肝火犯肺。
泻南补北法：即泻心火滋肾水，又称泻火补水法、滋阴降火法。适用于肾阴不足，心火偏旺，水火不济，心肾不交之证。因心主火，火属南方;肾主水，水属北方，故称泻南补北，这是水不制火。但必须指出，肾为水火之脏，肾阴虚亦能使相火偏旺，也称水不制火，这种属于一脏本身水火阴阳的偏盛偏衰，不能与五行生克的水不克火相提并论。
另在针灸治疗中的、精神治疗中也有运用。
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