蔡元培先生为中国近代教育做出的贡献是有目共睹的，他提出先进的教育思想，实施教育改革，创办学校，为中国的教育打下基础。
1912年元旦，孙中山在南京宣誓就任民国临时政府大总统，1月3日，任命蔡元培为教育总长。1月9日，南京临时政府教育部正式成立。教育部成立后，于1月19日颁布了《普通教育暂行办法》和《普通教育暂行课程标准》，这是中国资产阶级首次以中央政府名义发布的教育文件，是民国初年改革封建教育的纲领性文件，对保障政体变更之际普通教育的顺利过渡和稳定发展起到了重要作用。
对于大学的革新整顿，蔡先生首先对课程进行了调整，取消了经科。后又依据各地高等大学的质量情况，设立了大学预科，附属于大学，以提高教育质量。1912年5月蔡先生在北大的开学典礼讲演中强调：大学为研究高尚学问之地，这是他对大学的定位，也是他对大学办学宗旨的第一次阐述。
蔡元培就任北京大学校长后，对北大进行了全面改革。具体措施包括以下几个方面：
(1)抱定宗旨，改变校风
蔡元培认为大学应该成为研究高尚学问之地，因此，他改革北大的第一步是明确大学的宗旨，并为师生创造研究高深学问的条件和氛围。主要措施如下：
①改变学生的观念。
②整顿教师队伍，延聘积学热心的教员。
③发展研究所，广积图书，引导师生研究兴趣。
④砥砺德行，培养正当兴趣。
(2)贯彻思想自由，兼容并包的办学原则
思想自由，兼容并包是蔡元培革新北京大学的基本指导思想。他认为无论为何种学派，苟其言之成理，持之有故都可以在大学里自由地研究和讲授，并认为这是各国大学的共同准则，只有这样，大学才能对学术的发展起促进作用。思想自由，兼容并包也体现在教师的聘任上，蔡元培以学诣为主，罗致各类学术人才，使北大教师队伍一时出现流派纷呈的局面。
(3)教授治校，民主管理
1912年由蔡元培主持制定的《大学令》中，即已确立了教授治校、民主管理的大学校务管理原则，但直到蔡元培任校长后才真正实行。他组织了由教授组成的全校最高立法机构和权力机构评议会以及各门教授会。1919年，评议会通过了学校组织内部章程，决定设立行政会议、教务会议以及教务处、总务处来对学校进行管理。
管理体制的改革，体现了蔡元培教授治校、民主管理的思想，目的是把推动学校发展的责任交给教授，让真正懂得学术的人来管理学校。新管理体制的建立，改变了京师大学堂遗留下来的封建衙门作风，提高了工作效率，从而促进了学校的蓬勃发展。
(4)学科与教学体制改革
关于学科和教学体制，采取了如下措施：扩充文理，改变轻学而重术的思想;沟通文理，废科设系;改年级制为选科制(学分制)。除此之外，蔡元培还首次提出了男女同校的主张，使女子获得了走进学校进行学习的权利。
以思想自由、兼容并包为灵魂的北大改革不但使自身面貌发生了改变，而且也是我国高等教育近代化发展的一个里程碑。其所包容的主要内容是资产阶级乃至无产阶级的新思想、新文化、新人物，北大也因此成为新文化运动和马克思主意的传播中心、五四运动的策源地，其影响已远远超出了教育领域。
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