其主要职能职责如下：
1、贯彻执行《水法》、《防洪法》、《水土保持法》、《渔业法》等法律法规，拟定全市水利、水产工作的发展战略和中长期规划。
2、统一管理全市水资源（含空中水、地表水、地下水）。组织有关全市国民经济总体规划、城市规划及大型建设项目的水资源和防洪的论证工作；组织实施取水许可制度和水资源费征收制度；发布全市水资源公报。
3、编制全市计划用水、节约用水规划，组织、指导和监督计划用水、节约用水工作。
4、 根据国家资源与环境保护的有关法律、法规和标准，拟定全市水资源保护规划；组织水功能区的划分和向饮水区等水域排污的控制；监测江河湖库的水量、水质，审定水域纳污能力；提出限制排污总量的意见。
5、 组织、指导全市水政监察和水行政执法；协调并仲裁部门间和县（市、区）间的水事纠纷，查处重大的水事违法案件。
6、对全市水利资金的使用进行宏观调节、监督；指导全市水利行业的供水、水电、水产及多种经营工作。
7、 初审转报中、小（一）型水利水电基建项目建议书、可行性研究报告、初步设计。
8、 组织、指导水利设施、水域及其岸线的管理与保护；组织市管江河、湖泊及滩涂的治理和开发；组织、指导水库、水电站大坝的安全监管；组织指导城市防洪工作。
9、 指导全市农村水利工作；组织、协调全市农田水利基本建设、农村水电电气化和乡镇供水工作。
10、 组织全市水土保持工作。研究制定水土保持的工程措施规划，组织水土流失的监测和综合防治工作。
11、 主管全市水产工作。负责水生动物的防疫、境内检疫工作；负责渔业船舶登记和船员考核。
12、 负责水利方面的科技和外经工作；指导全市水利队伍建设。
13、 承担市防汛抗旱指挥部的日常工作，组织、协调、监督、指导全市防洪工作。
14、 承办市政府交办的其他事项。
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