根据《中共中央办公厅国务院办公厅关于印发海南省人民政府机构改革方案的通知》(厅字[2009]1 0号)，设置海南省水务厅，为主管全省水务工作的省政府组成部门。
(一)贯彻执行党和国家有关水务工作的法律、法规、方针政策；依法拟定并组织实施本省有关水务工作的法规、规章和政策。
(二)统一管理全省水资源(含空中水、地表水、地下水)。
组织编制全省水资源综合利用规划、计划并监督实施；组织重要建设项目的水资源论证和防洪论证工作；组织实施取水许可制度和水资源费等规费征收制度；发布全省水资源公报；指导全省水文工作和水资源信息系统建设。
(三)组织制定全省水资源保护规划；监测江河湖库的水量、水质；组织制定重要江河、湖泊的水功能区划；提出水域纳污能力以及限制排污总量的意见；负责江河、湖泊、水库等新建、改建和扩大排污口的审查工作，协助饮用水源的保护工作。
(四)组织审批水利建设项目建议书、可行性研究报告和初步设计报告；指导、监督全省重点水利工程项目建设；组织拟定水务行业技术质量标准并监督实施。
(五)组织、指导全省水务工程设施、水域、河道的管理和保护工作；指导、监督全省江河综合治理以及开发利用。
(六)组织协调农田水利基本建设；指导、监督灌区建设、节水改造和以防洪、灌溉、供水为主的水力发电工程以及农村小水电的管理与运行；指导有关部门做好水库移民工作。
(七)负责全省城镇供水、农村饮水的指导和管理工作；审查城乡供水企业的资质；指导城镇供水、排涝、中水回用设施建设和管理工作；参与城镇供水价格核定工作。
(八)指导、监督、管理全省计划用水、节约用水工作，拟定节约用水政策，指导编制节约用水规划和年度计划，制订用水定额及有关标准，并监督实施。
(九)负责全省水土保持工作。组织制定水土保持规划，指导水土流失的监测和综合治理；审批开发建设项目水土保持方案并监督实施。
(十)依法负责全省水务行业安全生产工作，组织、指导水库、水电站大坝的安全监管，监督水利工程建设。指导全省水政监察和水行政执法工作，协调处理水事纠纷。
(十一)负责水务科技工作，组织或参与有关水务工作的对外交流活动，指导全省水务队伍建设。
(十二)负责对全省水务资金的使用进行宏观调节、检查监督和内部审计监察。
(十三)承担省防汛防风防旱总指挥部的日常工作，组织、协调、监督、指挥和管理全省防汛、防风、防旱工作，对重要江河和重要水务工程实施防汛防旱统一调度。
(十四)负责对所属事业单位贯彻执行党和国家的法律、法规、规章、方针政策的情况进行检查监督，协同有关部门监管其经营性国有资产。
(十五)承办省政府和上级部门交办的工作，检查指导各市县水务工作。
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