九九八年六月二十八日，根据国务院《关于北京等九城市边防检查工作职业化改革试点方案批复》（国函[97]76号），海口出入境边防检查总站正式成立（副厅级），隶属公安部出入境管理局垂直领导。
总站机关设办公室、政治处、督察处、后勤处、业务处和技术处，机关直属单位设培训中心、门诊部、遣返审查所和服务保障队。下辖秀英、美兰、马村出入境边防检查站。
国家法律赋予边检总站的主要职责是：对出入境人员及其行李物品、交通运输工具及其载运的货物实施边防检查和监护；对口岸限定区域进行警戒和管理，维护出入境秩序；执行其他法律、行政法规规定的任务。
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