(一)贯彻执行国家水利政策。负责保障水资源的合理开发利用，拟订全省水利战略规划和政策，起草有关法规草案，制定部门规章，组织编制重要河流的流域综合规划、防洪规划等重大水利规划。按规定制定水利工程建设有关制度并组织实施，负责提出水利固定资产投资规模和方向、国家和省上财政性资金安排的意见，按规定权限，审批、核准全省规划内和年度计划规模内固定资产投资项目；提出全省水利建设投资安排建议并组织实施。 (二)负责全省生活、生产经营和生态环境用水的统筹兼顾和保障。实施水资源的统一监督管理，拟订全省和跨市（州）、跨流域水中长期供求规划、水量分配方案并监督实施，组织开展水资源调查评价工作，按规定开展水能资源调查工作，负责重要流域、区域以及重大调水工程的水资源调度，组织实施取水许可、水资源有偿使用制度和水资源论证、防洪论证制度。指导水利行业供水和乡镇供水工作。
(三)负责水资源保护工作。组织编制水资源保护规划，组织拟订重要河流的水功能区划并监督实施，核定水域纳污能力，提出限制排污总量建议，指导饮用水水源保护工作。指导地下水开发利用和城市规划区地下水资源管理保护工作。
(四)负责防治水旱灾害，承担省防汛抗旱总指挥部的具体工作。组织、协调、监督、指挥全省防汛抗旱工作，对重要河流和重要水工程实施防汛抗旱调度和应急水量调度，编制防汛抗旱应急预案并组织实施。指导水利突发公共事件的应急管理工作。
(五)负责节约用水工作。拟订节约用水政策，编制节约用水规划，制定有关标准，指导和推动节水型社会建设工作。
(六)指导水文工作。负责水文水资源监测、全省水文站网建设和管理，对河流湖库和地下水的水量、水质实施监测，发布水文水资源信息、情报预报和全省水资源公报。
(七)指导全省水利设施、水域及其岸线的管理与保护，指导重点河流滩涂的治理和开发，指导水利工程建设与运行管理，负责全省水利工程建设造价管理工作，组织实施具有控制性的或跨市、州及跨流域的重要水利工程建设与运行管理，承担水利工程移民管理工作。
(八)负责防治水土流失。拟订水土保持规划并监督实施，组织实施水土流失的综合防治、监测预报并定期公告，负责有关重大建设项目水土保持方案的审批、监督实施及水土保持设施的验收工作，指导全省重点水土保持建设项目的实施。
(九)指导农村水利工作。组织协调全省农田水利基本建设，指导农村饮水安全、节水灌溉等工程建设与管理工作，协调牧区水利工作，指导农村水利社会化服务体系建设。按规定指导农村水能资源开发工作，指导水电农村电气化和小水电代燃料工作。
(十)负责重大涉水违法事件的查处，协调、仲裁跨市、州水事纠纷，指导水政监察和水行政执法。依法负责全省水利行业安全生产工作，组织、指导水库、水电站大坝的安全监督，指导水利建设市场的监督管理，组织实施水利工程建设的监督。
(十一)开展水利科技和外事工作。组织开展水利行业质量监督工作，拟订全省水利行业的技术标准、规程规范并监督实施。承担全省水利统计工作。
(十二)承办省委、省政府和水利部交办的其他事项。
办公室
负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、保密、信访、政务公开、新闻发布工作；负责重要工作的督查督办。
财务处
编制水利部门预算；承担机关并指导厅属单位的财务管理工作。承担全省水利资金和国有资产的监督管理工作；提出有关水利价格、收费、信贷的建议。
规划计划处
拟订全省水利战略规划，组织编制重大水利综合规划、专业规划和专项规划；审核重大水利建设项目建议书、可行性研究报告和初步设计；指导水工程建设项目合规性审查工作；承担水利综合统计工作。
水政水资源处
起草全省水利法规草案和部门规章并监督实施；指导水利行政许可工作并监督检查；承办行政应诉、行政复议和行政赔偿工作；承担重大涉水违法事件的查处，协调跨市、自治州水事纠纷；指导水政监察和水行政执法工作。组织实施水资源取水许可、水资源有偿使用、水资源论证等制度；组织水资源调查、评价和监测工作；指导水量分配、水功能区划和水资源调度工作并监督实施，组织编制全省水资源保护规划，指导饮用水水源保护、城市供水的水源规划、城市防洪、城市污水处理回用等非传统水资源开发的工作，指导入河排污口设置工作;指导计划用水和节约用水工作。
人事处
负责机关和厅属单位的机构编制、人事管理、劳动工资、干部职工队伍建设工作；负责水利体制改革有关工作。
建设管理处
指导全省水利设施、水域及其岸线的管理和保护；指导重点河流、滩涂的治理和开发；组织实施河道管理范围内工程建设方案审查制度；指导水利工程建设与运行管理，指导水利建设市场的监督管理。 科技外事处 承办水利国际合作和外事工作；拟订全省水利行业技术标准、规程规范并监督实施；组织重大水利科学研究、技术引进和科技推广。
农村水利处
组织协调全省农田水利基本建设，指导农村饮水安全、节水灌溉，排水及雨洪资源利用等工程建设与管理，指导农村水利社会化服务体系建设。 农村水电处 指导全省农村水能资源开发工作，拟订全省农村水能资源开发的政策、法规、技术标准和规程规范并组织实施；组织开展水能资源调查工作，负责水能资源信息系统建设和水能资源调查成果的管理；指导农村水电体制改革，指导水电农村电气化工作，指导小水电代燃料工作。
安全监督处
承担水利行业安全生产工作，指导水库、水电站大坝的安全监管，组织实施水利工程质量和安全监管。
机关党委
负责厅机关和直属单位的党建工作。
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