中华人民共和国公安部下设出入境管理局，主管全国的公安出入境管理工作。各省、自治区、直辖市公安厅、局下设出入境管理局(处)，负责本地区的公安出入境管理工作;绝大多数的地市和工作量大、工作任务比较重的县级公安机关也成立了出入境管理专门机构，具体执行出入境管理的各项工作任务。地方各级公安机关出入境管理部门在业务上接受上级公安机关出入境管理部门的指导，同时接受同级公安机关的领导。国家在全国对外开放的口岸设立边防检查站，执行出入境边防检查任务。目前，北京、天津、上海、广州、深圳、珠海、厦门、海口、汕头9个城市成立了出入境边防检查总站，由公安部垂直领导。
公安部出入境管理局的职责是：研究拟定出入境管理政策，组织、指导和监督外国人和中国公民出入境管理，查处违反出入境管理法律、法规的行为;负责出入境边防检查工作;管理国籍和口岸签证事务;承办对外国人开放地区的审核报批、公布工作。
省、自治区公安机关出入境管理部门的职责是：对本省、自治区范围内的公安出入境管理工作进行规划、组织、指导、监督，认真贯彻执行公安部的出入境管理工作部署，按照中央事权的要求抓好各项工作的落实，同时组织指挥对出入境违法犯罪案件的查处，承担签发出国境证件、因私出入境中介机构审批和管理等工作。
直辖市、地(市)公安机关出入境管理部门的职责是：承担各类出入境证件受理、审批，查处出入境违法犯罪活动等各项出入境管理工作，同时负责对县(市、区)公安局(分局)的业务指导。
边检工作由公安部垂直领导，并由设在各对外开放口岸的269个边防检查站，其中设在机场59个，港口126个，陆路口岸84个(2009年12月31日数据)具体实施。边检机关主要履行以下几方面职责：一是对出境、入境的人员及其行李物品、交通运输工具及其载运的货物实施边防检查;二是对出境、入境的交通运输工具进行监护;三是对口岸限定区域进行警戒，维护出入境秩序;四是执行主管机关赋予的和其他法律、行政法规规定的任务。
北京、天津、上海、广州、深圳、珠海、厦门、海口、汕头九个出入境边防检查总站是公安部直属单位，担负着国家设在上述城市对外开放口岸的出入境边防检查任务，依法对出入境人员及其携带的行李物品、交通运输工具及其载运的货物进行检查和监护，打击出入境违法犯罪活动，维护国家主权、安全和正常的出入境秩序。
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