主要职能是：
(一)承担综合协调海洋监测、科研、倾废、开发利用的责任。组织拟订国家海洋事业发展战略和方针政策，组织拟订并监督实施海洋主体功能区规划、海洋信息化规划、海洋科技规划和科技兴海战略，会同有关部门拟订并监督实施海洋事业发展中长期规划、海洋经济发展规划。
(二)负责建立和完善海洋管理有关制度，起草海岸带、海岛和管辖海域的法律法规草案，会同有关部门拟订并监督实施极地、公海和国际海底等相关区域的国内配套政策和制度，处理国际涉海条约、法律方面的事务。
(三)承担海洋经济运行监测、评估及信息发布的责任。会同有关部门提出优化海洋经济结构、调整产业布局的建议，组织实施海洋经济和社会发展的统计、核算工作，组织开展海洋领域节能减排和应对气候变化工作。
(四)承担规范管辖海域使用秩序的责任。依法进行海域使用的监督管理，依法组织编制并监督实施全国海洋功能区划，组织实施海域使用权属管理，按规定实施海域有偿使用制度，组织实施海域使用论证、评估和海域界线的勘定和管理，审批和管理海底电缆管道铺设。
(五)承担海岛生态保护和无居民海岛合法使用的责任。组织制定海岛保护与开发规划、政策并监督实施，组织实施无居民海岛的使用管理，发布海岛对外开放和保护名录。
(六)承担保护海洋环境的责任。按国家统一要求，会同有关部门组织拟订海洋环境保护与整治规划、标准、规范，拟订污染物排海标准和总量控制制度。组织、管理全国海洋环境的调查、监测、监视和评价，发布海洋专项环境信息，监督陆源污染物排海、海洋生物多样性和海洋生态环境保护，监督管理海洋自然保护区和特别保护区。
(七)组织海洋调查研究，推进海洋科技创新，组织实施海洋基础与综合调查，承担海水利用和海洋可再生能源的研究、应用与管理，管理海洋系列卫星及地面应用系统，拟订海洋技术标准、计量、规范和办法。
(八)承担海洋环境观测预报和海洋灾害预警报的责任。组织实施专项海洋环境安全保障体系的建设和日常运行的管理，发布海洋灾害和海平面公报，指导开展海洋自然灾害影响评估工作。
(九)组织对外合作与交流，参与全球和地区海洋事务，组织履行有关的国际海洋公约、条约，承担极地、公海和国际海底相关事务，监督管理涉外海洋科学调查研究活动，依法监督涉外的海洋设施建造、海底工程和其他开发活动。
(十)依法维护国家海洋权益，会同有关部门组织研究维护海洋权益的政策、措施，在我国管辖海域实施定期维权巡航执法制度，查处违法活动，管理中国海监队伍。
(十一)承办国务院和国土资源部交办的其他事项。
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