崇明县水务局是主管全县水行政的县政府组成部门。其主要职责是：
1、贯彻执行有关水行政工作的方针、政策和法律、法规、规章；结合本县实际研究制定有关水行政管理工作的意见、措施和规定，并组织实施。
2、根据崇明社会发展总体规划，研究制定本县水务工作发展规划、中长期计划和年度计划，并组织实施。参与有关国民经济总体规划、城镇规划及重大建设项目中有关水行政业务的论证工作。
3、统一管理本县水资源（含空中水、地表水、地下水）；制定水资源中长期供求计划，水量分配调度计划并监督实施；组织实施取水许可制度和水资源费征收工作；组织、指导和监督节约用水工作；负责给水、排水行业的管理与监督；负责水文工作和滩涂资源开发和利用的管理与监督。
4、承担县防汛指挥部的日常工作。
5、负责排水与污水处理设施的管理与监督。
6、主管本县河道、湖泊、江海、江堤（包括人工水道、水库等）的整治和长江口水资源的保护。
7、按照国家资源与环境保护的有关法律、法规和标准，拟定水资源开发利用保护规划、监测各排水管网排污的水量、水质，审定水域和排水管网的纳污能力，提出水环境治理方案和意见并组织实施。
8、组织编制水利工程建设项目建议书和可行性报告；执行国家治理技术质量标准和水利工程的规范。
9、主管各类水利工程；依照有关法律、规章，组织、指导水利工程设施、水域及其海塘与岸线的管理和保护；负责本县重要水利工程的安全监管。
10、组织、指导和协调乡镇水利基本建设，会同有关部门组织实施水土保护工作。
11、做好对水务行业规费收取和资金使用的管理；指导水务行业的多种经营工作。
12、承担水行政监察及水行政执法工作。负责协调和处理城乡建设中涉及水利设施的配套工作及各类水事纠纷。负责办理有关行政诉讼应诉工作。
13、承办县政府交办的其他事项。
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