综合运用跨学科的知识和思维方法，可能是回答钱学森之问的另外一个关键。如何训练学生这种打破学科、课程划分的能力呢?这就需要大学尝试进行综合考试制度改革。
人类对知识领域按学科进行划分，其主要原因在于人类自身认识的局限性，特别是群体和个体认知的局限性。美国科学史专家、耶鲁大学教授D普赖斯在其重要著作《小科学，大科学》一书中，特别指出自然科学中学科领域的划分其本质是人为的，并且也不是绝对的：
即使在自然哲学这块大蛋糕被切割时，我们把化学从物理学中划分出来也自然而然形成物理化学和化学物理这两个学科，以致其中每个部分都得时刻监视着自己的相邻学科。所以，学科的重叠是自然界对人类试图对自然分而治之做法的一种报复。
学科、专业和课程的划分都存在局限性
当前，许多大学正在积极推行学分制教学组织模式。学分制教学相对按部就班、整齐化一、齐步走的学年制教学有着根本性进步，因为其给予了学生更大的选择权，包括对本校课程、教师和学习进程的选择权，以旁听、交换和暑期学校的方式获得去其他高校学习的选择权，以及通过网络和翻转课堂学习慕课的选择权。但从知识结构角度看，学分制下的课程其内容仍然主要在学科之内，不同课程教学内容的划分有一定的局限性。因此，不同大学之间的课程名称、学分、教学重点就会有所不同。但在宏观教育背景下，学科的划分具有局限性，作为课程组合的专业有着局限性，每门课程的内容划分也具有局限性，三重局限性的叠加很可能导致学生认知和创造的局限性，这就成了学分制制度本身的局限性。
也就是说在真实的人类认知和创造过程中，当学生面对前沿问题、未知问题时，他们需要打通课程的孤立、武断划分，综合运用跨学科的知识和思维方法，这也可能是回答钱学森之问的另外一个关键。大学在学分制的教学运行和管理体系背景下，又如何训练学生这种打破学科、课程划分的能力呢?这就需要大学尝试进行综合考试制度改革。
多门课程任课教师共同出题进行综合考试
所谓综合考试，就是在学分制教学体系之下，多门课程的任课教师共同出题。综合考试的题目需要包含原来课程内容分割后的核心知识和能力，更包含能够将多门课程的知识有机融合的考核内容。
多门课程综合考试，要求学生的思维倾向既是分析的，也是综合的，甚至更加强调综合。其中蕴含崭新的教育视野。如果多门课程的教师共同决定期末时的综合考试，那么这些教师需要提前认真研究和改进教学，在每一门课程的教学中先行渗透其他课程的内容，提前引导学生跨越课程的分界去思考和解决问题。于是我们看到，综合考试本身又可能引发教学的根本性变革，这种变革包括课程设置以及对学生综合思维能力的培养。
举例来说，北京大学物理系2013级秋季学期有三门必修课：近代物理、数学物理方法、理论力学。当下情况是三门课程分别考试，但另外一个选项就是三门课程举行综合考试，这意味着三门课程的教授共同出题，考试时间长达4-6个小时。这样的综合考试的成绩在学分制下只能分别登录在三门课程的成绩中，例如，综合考试的成绩是80分，这意味着三门课程的成绩都是80分。
北京大学本科课程体系中有一个跨学科专业政治学、经济学与哲学，英文名称为Philosophy、Politics and Economics，简称PPE专业。该专业主修课程是跨学科的，甚至跨越了学科大类。这个专业也有必修课，有可能开在同一个学期。对于这个专业的学生而言，如果在一个学期内经济学原理西方哲学史和政治学原理三门必修课同时开设，也可以鼓励教师共同出题考试。
值得关注的是，在研究生教育阶段，当博士生候选人完成所有课程进入博士论文研究阶段时，往往有综合考试去检验博士生的知识储备和综合思考能力，其考试的本质就是综合考试。在美国，当医学专业学生完成全部课程和医学临床训练以后，也有全国性的综合考试，考试时间是两天，这个考试就是综合考试。
毕业综合考试与荣誉学士学位相结合
推动几门课程综合考试有助于弥补学分制的局限，但这还是不够，我们需要有机会让学生把所学知识全面综合，这对师生及专业教学而言，是一场全面的挑战。什么时间考试呢?只能在毕业之前。这种考试可与学位制度联系在一起，称为荣誉学士学位综合考试。
对于期待获得荣誉学士学位的本科学生，大学可以在毕业前第8学期(4月份或5月份)要求他们参加包含4年知识的综合大考，这个大型考试内容一定要具有高度的综合性，这要求命题小组要具备改革创新思维。例如，综合性毕业考试命题教师要跨学科组成。北京大学化学学院综合大考命题7人小组中，可以有5名化学领域的教师，还需要有1名生命科学领域的教师，1名物理领域的教师。综合大考的题目应当包含前沿性科研题目、无单一标准答案的开放性题目，考试时间约8小时。
与荣誉学士学位相联系的毕业综合考试放在四年级春季学期举行，有助于治理两个问题。第一是解决保研猪的问题。由于我国大学的保研时间一般安排在每年的9月或10月，因此对已经成功保研的大四学生来说，几乎有8个月的时间，没有学习压力和挑战，过着类似于猪的生活吃了睡，睡了吃，日子过得休闲而逍遥。如果一所大学在春季4、5月份安排荣誉学士学位综合考试，保研生的大四生活将会更加充实。第二是有助于遴选对学术更有兴趣的学生进入大学深造。大四期间，有很多学生面临实习问题。如果在春季安排荣誉学士学位综合考试，对于那些期待在学术上获得成就的学生而言，会在实习和考试中更加坚定地选择适合自己的方向。
学分制教育组织模式有优点，也有局限，综合考试则有助于弥补学分制的缺陷，因而值得思考和尝试，相信其有助于人才培养质量的提高和创新人才的培养。
在综合考试方面，中国的大学实际落后于小学。据报道，2015年11月，南京府西小学五年级就出了全科试卷，语文、数学、外语分值只有60%，音乐、美术和品德等学科考题也出现在同一张试卷上，这就是综合考试的模样。
我国高等教育各项改革进入深水区，作为体现教育改革成果的人才培养环节，考试改革正在探索中前行，哪所大学会先行试点综合考试呢?
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