一、导师确定MPA研究生学位论文实行指导教师负责制。一般在课程学习基本结束(第四学期末)，根据学生、导师的双向选择确定。原则上管理学院与MPA研究方向相关专业的硕士研究生指导教师或拥有博士学位的教师均可担任MPA研究生论文的指导教师;MPA研究生根据导师相关信息及自己的工作需要、兴趣和知识结构等因素填写双向选择表;MPA管理中心依据学生填写的双向选择表，征求指导教师意见后确定每位MPA研究生的指导教师，并将名单公布。为保证培养质量，MPA管理中心负责确定并公布每届MPA学生中每位指导教师负责指导学生人数的限额。指导教师确定后，学生应主动、定期地与导师保持联系，逾期不与导师联系的，导师有权拒绝指导，MPA管理中心不再安排指导教师，由此产生的一切后果由学生本人负责。
二、选题与开题学生在与导师充分沟通后，在导师的指导下，明确论文选题并在实际调查和资料查阅等前期工作的基础上，于开题两周内完成开题报告。报告内容为;选题及意义、论文所应用的理论和方法、论文的主要内容、论文的主要结构、主要参考文献等五方面内容，开题报告经指导教师提出修改意见并认可后，即可开始论文的写作。
三、学位论文撰写撰写学位论文的工作量(即从开题到答辩)不得少于6个月，论文应不少于3万字。论文撰写的格式要符合合肥工业大学硕士学位论文统一格式的规定，论文应由MPA研究生独立完成。论文写作期间学生应主动与指导教师加强联系，指导教师也应主动关心学生，严格审查各个环节，确认是否可以转入下一环节或提出具体修改建议，指导教师必须对论文的质量进行把关，并对MPA研究生是否独立完成论文工作进行监督。在指导教师详细审阅论文修改稿并同意定稿后，MPA研究生最迟在答辩前一个月将未署名的论文正本交至MPA管理中心，并向中心提出答辩申请，认真填写各项申请材料。送审论文学生自行印制(建议在校论文制作中心完成)。
四、答辩申请学位论文经导师审核后，达到学位授予条例要求的论文水平，学生需本人填写《公共管理硕士学位论文答辩申请表》，经导师签字同意后向MPA中心及校学位办申请论文答辩。
五、学位论文评阅学位论文除经导师审阅写出详细的评阅意见外，MPA管理中心在答辩前两周将聘请两名副高级职称以上的专家(其中至少有一位是实际工作部门中具有高级专业技术职称的专家)进行双盲评审(即同时隐匿评阅人姓名、学位论文作者及导师姓名)。论文的送审由MPA管理中心负责，严禁学生本人或导师送审。论文评阅人要对论文写出详细的学术评语，并对论文提出明确意见，签字后于答辩前一周将论文评阅书返还MPA管理中心。论文评阅人给出的评阅意见有：肯定意见(包括：同意答辩、同意答辩稍作修改)和否定意见(包括：修改后答辩、不同意答辩)两种。
若两位评阅人均持肯定意见，方可进入答辩阶段。若两位评阅人意见不一致，则增聘一名评阅人重审。若两名评阅人均持否定意见，则此次申请无效。在进入答辩阶段前，凡评阅意见为同意答辩稍作修改的，答辩申请人必须依据评阅意见进行修改(若导师认为不必修改可出具不予修改的书面意见)。
对于论文评阅没有通过的申请人，必须对学位论文进行认真修改，半年后方可重新申请答辩，再次申请答辩发生的相关费用全部由MPA研究生自己承担。
六、学位论文答辩学位论文答辩时间为每年5月下旬和11月下旬各一次，学生可根据写作进度自行选择。
因为某些原因，无法在四年内参加论文答辩者，可以申请延期，但必须办理申请延长学习年限的手续。答辩一经安排，学员即应在指定的时间参加答辩。答辩通过者，经院学位评定分委员会通过、校学位评定委员会审核批准，授予合肥工业大学公共管理硕士专业学位。答辩未获通过者，重新交纳论文答辩后，在规定期限内，可重新撰写论文，再参加一次论文答辩。
答辩程序：
1)由答辩秘书宣布答辩委员会主席及成员名单;
2)答辩委员会主席宣布答辩会开始;
3)由答辩秘书介绍研究生的基本情况，包括课程学习和论文情况;
4)由研究生报告论文主要内容(约20分钟);答辩人应事先自制PowerPoint并在答辩时作论文介绍(一般制作十张左右即可)。内容包括：选题动机，运用的管理理论和研究方法，分析解决的问题，提出的措施、方案、结论，重点突出论文的创新点。应尽量做到简明扼要，清晰直观。
5)答辩委员针对论文提出问题，研究生回答问题;
6)答辩会休会;
7)答辩委员会评议：答辩委员会就是否通过论文答辩和建议授予学位做出表决(表决采取无记名投票方式进行，由答辩秘书统计投票结果)，同意票数达到全体成员三分之二及以上为通过;若未通过，答辩委员会可向校学位委员会做出如下建议：
①同意票数达到半数但不足三分之二，要求学位申请者在规定日期内修改论文，并提交答辩委员会审议;
②同意票数不足半数，要求学位申请者在一年内修改论文并重新答辩一次;
8)由指定答辩委员宣读《评议意见书》;评议论文水平及答辩情况;讨论并通过决议书;进行表决;
9)答辩会复会，由主席宣布答辩委员会对论文的评语和表决结果;
10)答辩委员会主席宣布答辩会结束。
七、学位授予学位申请者通过答辩后，由MPA管理中心将审核后的有关材料交送管理学院学位评定分委员会，管理学院学位评定分委员会在规定日期内，根据答辩委员会的决议以及学位申请者的论文及有关材料进行评议并采取无记名投票方式表决，经全体委员的三分之二以上(含三分之二)同意作为通过。根据投票结果学位评定分委员会做出是否授予其MPA学位的建议后，由MPA管理中心进行整理并报学校学位评定委员会汇总。经评定委员会以无记名投票方式进行表决，过半数(含半数)同意作为通过，最终决定是否授予MPA学位。校学位评定委员会批准授予学位的名单报国务院学位办备案。
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