1 中医临床基础
中医临床基础是中医学一级学科的二级学科。中医的临床本身是以中医理论为依托，即运用中医理论有效地指导中医临床实践，从诊法到辨证直至选方用药都离不开中医理论。
2 方剂学
方剂学是中医学一级学科的二级学科，方剂学是研究和阐明治法与方剂配伍理论及其临床运用的一门学科，是联系中医基础理论和临床各科的桥梁和纽带。现代方剂学主要由基础及临床方剂学组成。基础研究中方剂配伍规律及方剂药效作用机制是学科研究的核心,方剂药效物质基础化学成分的研究是学科知识创新的关键。临床方剂学则以中西医病证结合为背景，评价方剂疗效为主要目标。上述研究对推动方剂学科和中医药学术发展,促进中医药现代化具有重要指导意义。
3 中医诊断学
中医诊断学是一级学科中医学专业下的二级学科，是根据中医学的理论，研究诊察病情、判断病种、辨别证候的基础理论、基本知识和基本技能的一门学科。它是中医学专业的基础课，是基础理论与临床各科之间的桥梁，是中医学专业课程体系中的主干课程。
4 中医内科学
中医内科学是中医学学科的一个二级学科，是基础理论联系临床实践的桥梁，是中医临床各科的基础，在中医院校占有极其重要的地位。中医内科学是运用中医学理论阐述内科病证的病因病机及其证治规律，并采用中药治疗为主的一门临床学科。它以脏腑、经络、气血津液等病理生理学说为指导，系统地反映了中医辨证论治的特点，因而是中医学学科的主干课程，也是临床其它各科的基础，是必须学好的一门临床专业课。
5 中医外科学
中医外科学是中医学的一个重要临床学科，内容丰富，包括疮疡、乳房病、瘿、瘤、岩、肛门宣肠疾病、男性前阴病、皮肤病及性传播疾病、外伤性疾病与周围血管病等。在历史上，跌打损伤、金刃刀伤、眼耳鼻喉口腔等病曾属于外科范围。由于医学的发展，分工愈来愈细，以上各病都先后发展分化成了有关专科。中医外科学有着悠久的历史，几千年来经历了起源、形成、发展、逐渐成熟等不同阶段。
6 中医骨伤科学
中医骨伤学是临床医学的一门重要学科，是研究防治骨折和脱位的一门科学，是中医骨伤科学的重要组成部份。中医骨伤学是以传统中医的理论和方法为基础，结合现代医学及其他学科领域的知识和技术，研究人体骨折和关节脱位以及有关损伤的一门临床学科，是中医学专业的专业临床课。
7 中医妇科学
中医妇科学是中医学的一个二级学科，它运用中医学基础理论与方法，认识和研究妇女解剖、生理、病因病机、诊治规律，防治妇女特有疾病(经、带、胎、产、杂病)的一门临床学科。在传统中医理论与整体观念、辨证论治的指导下，注重肾气天癸冲任胞宫生殖轴的理论特色及妇女生理周期性特点，结合现代医学妇科理论知识，跟踪本学科主要研究方向的发展动态，运用循证医学与科学研究的基本方法进行临床妇科学的实践与研究。
8 中医儿科学
中医儿科学是一级学科中医学专业下的二级学科，它是以中医学理论体系为指导，以小儿生理、病理特点为基础，以中国传统的中药、针灸、推拿等治疗方法为手段，以辩证论治为核心，研究自胎儿至青少年这一时期小儿的生长发育、生理病理、喂养保健，以及各类疾病预防和治疗的一门医学科学。中医儿科学荟萃了中华民族数千年来小儿养育和疾病防治的丰富经验，随着中医学的发展而逐步形成了自己的理论和实践体系。
9 民族医学
民族医学( ethnomedicine )是一级学科中医医学下设的二级学科。该学科是研究各民族的传统医学理论、治疗方法和保健习俗的学科。广义的民族医学可称为民间医学( folk medicine )，是指各民族中存在的有别于正统西方医学的一切非正统的医学理论、治疗方法和保健习俗。
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