历史学是清华大学历史最悠久、成就最辉煌的学科之一，1911年建校初期就开设有中国史、西洋史等课程，1926年正式成立历史系。著名学者王国维、梁启超、陈寅恪等都先后在历史系执教，并形成了中西交融、古今贯通的学术传统，培养了一批又一批高水平的史学人才。1952年全国高校院系调整，清华大学历史系并入北京大学等校。
二十世纪八十年代以后，清华大学逐步恢复包括历史学科在内的人文学科。1985年，清华大学成立思想文化研究所，主要从事中国古代思想文化史研究;1993年，历史系恢复建制;2001年，中央工艺美术学院并入清华，艺术史学科也成为清华史学的一个重要组成部分;2003年，历史系与思想文化研究所合并，成立了新的历史系。清华历史学科依托清华大学良好的学术环境，已经形成了以历史系为中心，多学科密切合作，名家汇集，梯队合理，优势集中，特色明显，图书资料积累量大，人才培养和学术研究国际化程度不断提升的学术格局。
历史系下设有中国古代史、中国近现代史、世界史、思想文化史等教研室，以及礼学研究中心等专门研究机构。2008年，历史系还与化学系、图书馆等单位合作，成立清华大学出土文献研究与保护中心，从事清华简等出土文献的保护整理与研究工作。2011年，以该中心为主建立的出土文献与中国古代文明研究中心获批为教育部人文社会科学重点研究基地。
历史系拥有雄厚的师资队伍，现有专任教师28人，另有兼职教授多人;专任教授中有欧亚科学院院士、中央文史馆馆员、国务院学位委员会历史学学科评议组成员、历史教学委员会委员、国家级学会会长、副会长等。目前，历史系可以招收中国史、世界史两个一级学科各相关领域的博士生、硕士生、本科生和外国留学生，并设有中国史和世界史两个博士后流动站。
现任系主任侯旭东教授，副主任刘国忠教授、方诚峰副教授，党支部书记张勇教授。
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