截止2013年12月，该校设有160多个研究机构，其中国家重点实验室4个，国家工程实验室2个，国家工程技术研究中心1个，教育部重点实验室5个，教育部工程技术中心3个，教育部文科重点研究基地5个，福建省重点实验室、中心28个，厦门市重点实验室、中心16个。厦门大学国家大学科技园是福建省内唯一经科技部、教育部认定的国家级大学科技园。
还设有厦门大学国学研究院、厦门大学公共政策研究院、厦门大学知识产权研究院、厦门大学王亚南经济研究院、厦门大学财务管理与会计研究院、厦门国际法高等研究院、厦门大学教育研究院、厦门大学台湾研究院、厦门大学南洋研究院、厦门大学海峡两岸发展研究院、厦门大学南海研究院、萨本栋微米纳米科学技术研究院、厦门大学生物仿生及软物质研究院、海洋与海岸带发展研究院、两岸关系和平发展协同创新中心、能源材料化学协同创新中心等科研平台 。
国家重点实验室
固体表面物理化学国家重点实验室、近海海洋环境科学国家重点实验室、细胞应激生物学国家重点实验室、分子疫苗学与分子诊断学国家重点实验室
国家工程研究中心
国家传染病诊断试剂与疫苗工程技术研究中心
国家工程实验室
醇醚酯化工清洁生产国家工程实验室
国家地方联合工程实验室
天然产物源靶向药物国家地方联合工程实验室
教育部重点实验室
谱学分析与仪器教育部重点实验室、水声通信与海洋信息技术教育部重点实验室、滨海湿地生态系统教育部重点实验室、高性能陶瓷纤维教育部重点实验室、计量经济学教育部重点实验室
教育部批准设立的研究机构
厦门大学历史研究所、厦门大学人类学研究所、厦门大学中国语言文学研究所、厦门大学海外华文教育研究所、厦门大学经济研究所、厦门大学宏观经济研究中心、厦门大学会计发展研究中心、东南亚研究中心、(中国)厦门大学马来西亚研究所、厦门大学高等教育科学研究所、厦门大学高等教育发展研究中心、厦门大学台湾研究中心、微纳光电子材料与器件教育部工程研究中心、电化学技术教育部工程研究中心、教育部物理化学研究所、教育部寄生动物学研究室(厦门大学)、教育部细胞生物学研究室(厦门大学)、厦门大学亚热带海洋研究所、中国海关史研究中心、国家农村社会保险研究中心(劳动与社会保障部委托)、分子诊断教育部工程研究中心
福建省重点实验室
福建省等离子体与磁共振研究重点实验室、福建省半导体材料及应用重点实验室、福建省高校微纳米系统重点实验室、福建省高校化石能源化学与化工重点实验室、福建省化学生物学重点实验室、福建省高校无机化学与功能材料重点实验室、福建省高校特种陶瓷重点实验室、福建省特种先进材料重点实验室、福建省药物工程实验室、福建省高校生物医学工程重点实验室、福建省亚热带湿地生态学重点实验室、福建省资源微生物重点实验室、福建省神经退行性疾病及衰老研究重点实验室、福建省眼科与视觉科学重点实验室、福建省海陆界面生态环境重点实验室、福建省防火阻燃材料重点实验室、福建省仿脑智能系统重点实验室
福建省研究中心
福建经济研究中心(省校共建)、福建女性发展研究中心(省校共建)、福建省半导体照明工程技术研究中心、厦门大学集成电路设计工程技术研究中心、福建省医学分子病毒研究中心、福建省抗癌研究中心、福建省滨海湿地保护与生态恢复工程技术研究中心、福建省陶瓷纤维工程技术研究中心
厦门市重点实验室
厦门市分子纳米技术与分析科学重点实验室、厦门市高性能金属材料重点实验室、厦门市防火阻燃材料重点实验室、厦门市手性药物重点实验室、厦门市电子陶瓷材料与元器件重点实验室
厦门市研究中心(所、室)
厦门市光电信息材料与器件工程技术研究中心、厦门市MEMS工程技术研究中心、厦门市创新方法工程技术研究中心、智能图像与信息处理研究室(ATR)、新技术开发研究所(市校共建)、厦门市生物医学工程技术研究中心、厦门市医学分子病毒研究中心、厦门市海洋微生物新药工程技术研究中心、海峡(厦门)中医药科技平台
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