浙江大学科研机构根据其批准设立的主体不同，分为三类，包括政府批准机构、学校自主批建机构和学校与校外独立法人单位联合共建机构。截至2012年4月16日，浙江大学正在运行的科研机构共307个。
国家重点实验室
硅材料国家重点实验室
计算机辅助设计与图形学国家重点实验室
流体动力与机电系统国家重点实验室
工业控制技术国家重点实验室
现代光学仪器国家重点实验室
化学工程联合国家重点实验室(联合)
植物生理学与生物化学国家重点实验室(联合)
水稻生物学国家重点实验室(联合)
能源清洁利用国家重点实验室
传染病诊治国家重点实验室
国家工程实验室
生物饲料安全与污染防控国家工程实验室
国家专业实验室
二次资源化工国家专业实验室
电力电子技术国家专业实验室
生物传感器技术国家专业实验室
工业心理学国家专业实验室
国家工程(技术)研究中心
工业自动化国家工程研究中心
电力电子应用技术国家工程研究中心
国家光学仪器工程技术研究中心
国家电液控制工程技术研究中心
国家水煤浆工程技术研究中心浙江大学燃烧技术研究所
国际科技合作重点科研机构(联合研发中心)
浙江国际纳米技术研发中心
教育部重点实验室及工程研究中心
生物医学工程教育部重点实验室
濒危动植物保护生物学教育部重点实验室
动物分子营养学教育部重点实验室
污染环境修复与生态健康教育部重点实验室
视觉感知教育部-微软重点实验室
高分子合成与功能构造教育部重点实验室
软弱土与环境土工教育部重点实验室
恶性肿瘤预警与干预教育部重点实验室
生殖遗传教育部重点实验室
膜与水处理技术教育部工程研究中心
嵌入式系统教育部工程研究中心
计算机辅助产品创新设计教育部工程研究中心
表面与结构改性无机功能材料教育部工程研究中心
数字图书馆教育部工程研究中心
高压过程装备与安全教育部工程研究中心
其他部委实验室及研究中心
农业部核农学重点开放实验室
农业部动物营养与饲料(华东)重点开放实验室
农业部农业环境工程与智能化设备重点开放实验室
农业部园艺植物生长发育与品质调控重点开放实验室
农业部动物疫病病原学与免疫控制重点开放实验室
农业部面源污染控制重点开放实验室
农业部作物病虫分子生物学重点开放实验室
卫生部传染病重点实验室
卫生部多器官联合移植研究重点实验室
卫生部医学神经生物学重点实验室
国家药品监督管理局药品评价中心浙江呼吸药物研究重点实验室
智能科学与技术网上合作研究中心(教育部网上合作研究中心)
国家濒危野生动植物种质基因保护中心(教育部、国家林业局)
教育部含油气盆地构造研究中心
磁约束核聚变教育部研究中心(联合)
国家环境保护燃煤大气污染控制工程技术中心(环保部)
自主设立基地
浙江大学研究所(155)、浙江大学交叉研究中心(16)
独立研究院
浙江大学中国西部发展研究院
浙江大学舟山海洋研究中心
浙江加州国际纳米技术研究院
浙江大学中国农村发展研究院
浙江大学台州研究院
浙江大学数学科学研究中心
浙江大学求是高等研究院
浙江大学国际创新研究院
浙江大学生命科学研究院
浙江大学水环境研究院
浙江大学可持续能源研究院
浙江大学国际设计研究院
联合共建基地
与国外单位联合科研机构(40)、与国内企事业单位联合科研机构
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