截止2014年，学校有硕士点231个，博士点172个，博士学位授权一级学科29个，博士后科研流动站27个;有一级学科国家重点学科6个(覆盖35个二级学科)，二级学科国家重点学科9个，国家重点(培育)学科2个，一级学科天津市重点学科27个。
一级学科国家重点学科：6个
理论经济学、应用经济学、数学、化学、光学工程、历史学
二级学科国家重点学科(含覆盖)：44个
区域经济学、金融学、产业经济学、国际贸易学、财政学、数量经济学、国民经济学、劳动经济学、统计学、政治经济史、经济史、世界经济、西方经济学、人口资源与环境经济学、经济思想史、国防经济、基础数学、计算数学、概率论与数理统计、应用数学、运筹学与控制论、无机化学、分析化学、有机化学、物理化学、高分子化学与物理、史学理论与史学史、考古学及博物馆学、专门史、中国古代史、中国近代史、世界史、历史地理学、历史文献学、光学、微生物学、动物学、环境科学、农药学、马克思主义哲学、政治学理论、中国古代文学、企业管理。
国家重点培育学科：2个
语言学及应用语言学、植物学
一级博士授权点(29个)
哲学、理论经济学、应用经济学、法学、政治学、社会学、马克思主义理论、中国语言文学、外国语言文学、考古学、中国史、世界史、数学、物理学、化学、生物学、生态学、统计学、光学工程、材料科学与工程、电子科学与工程、控制科学与工程、计算机科学与工程、软件工程、临床医学、管理科学与工程、工商管理、公共管理。[26]
一级学科硕士学位授权点(44个)：
民族学、教育学、心理学、新闻传播学、艺术学理论、美术学、设计学、信息与通信工程、生物医学工程、安全科学与工程、植物保护、基础医学、口腔医学、药学、图书馆情报与档案管理、哲学、理论经济学、应用经济学、法学、政治学、社会学、马克思主义理论、中国语言文学、外国语言文学、考古学、中国史、世界史、数学、物理学、化学、生物学、生态学、统计学、光学工程、材料科学与工程、电子科学与工程、控制科学与工程、计算机科学与工程、软件工程、临床医学、管理科学与工程、工商管理、公共管理。
博士后流动站(27个)
理论经济学、应用经济学、工商管理、数学、化学、物理学、生物学、中国语言文学、历史学、哲学、社会学、政治学、统计学、光学工程、植物保护、电子科学与技术、计算机科学与技术、管理科学与工程、控制科学与工程、环境科学与工程、材料科学与工程、外国语言文学、马克思主义理论、图书馆、情报与档案学、考古学、世界史学、生态学。
学科评估
20072009年，教育部开展新一轮一级学科整体水平评估， 南开大学经济、数学、化学、历史四大学科名列全国前三，全国前三学科数达6个，位居高校第七;全国前十学科总数达到十四个，位列高校第九。
2012年，南开29个一级学科参评，共有20个一级学科进入全国前十，8个学科进入全国前五。
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