北航飞行学院成立于1993年，是由北京航空航天大学与中国南方航空股份有限公司联合创办，充分利用学校已有教学资源，发挥校企合作办学的优势，专门培养具有国际化视野高素质民航飞机驾驶员的学院。从1993年起开始招收飞行技术专业本科生，实施校企紧密结合办学模式，并送国外进行飞行训练，直接为航空公司定制式培养高水平飞行员。
截止到2013年9月，学院共招收飞行技术专业本科生共计4651名，招收非学历飞行学员617名。学院已为南方航空公司输送了2450名飞行员，其中已经有1000多名聘任了责任机长。
学院已经为南方航空、东方航空、四川航空、山东航空、邮政航空、幸福航空、中国商飞、顺丰航空等公司开展了飞行员培训业务。学院于2006年开展了大改架学员的招飞工作，2007年开展了非学历飞行技术学员的培训业务，2011年开展了养成生的招飞工作。
学院提出了建成高水平航空运输理论研究的一流国际化飞行学院的发展方向，培养具有国际化视野、高素质的飞行员工作目标。凝练出思想好、作风硬、纪律强、技术精的院训，对学员实施半封闭式的准军事化管理模式。
学院四个培养体系包括理论课程教学体系、国外飞行训练体系、职业资格取证体系和综合素养教育体系。学生首先在国内完成2年左右的基础理论学习，然后在国外进行1.5年左右的飞行训练，最后半年回学校完成毕业论文设计和民航执照理论考试，之后赴航空公司进行飞行实习。
学院于2008年分别获得了中国民航局ATPL理论培训和ICAO飞行英语培训资质证书，成为培养职业飞行员的专业培训机构，并获批成为中国民航局执照理论考试机构。
飞行学员完成全部课程，经考核合格，可获得9个证书，即：北航的本科毕业证书、北航学士学位证书;国外民航局颁发的私人驾驶执照、符合美国FAA标准的商用驾驶执照、仪表等级证书;中国民航局颁发的商用驾驶执照、仪表等级、专业英语、航线驾驶执照等证书。学员毕业后即可成为民航客机的右座副驾驶员，并具有随机机械师的水平。
学院贯彻理论学习与飞行训练相结合，国内学习与国外学习训练相结合，学历教育与执照考试相结合的教学指导思想，以培养具有国际化视野、高素质的飞行员作为学院工作目标。
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