数学研究所于1978年经原国家教委批准建立，1988年被批准成立数学博士后科研流动站，1998年被国家批准为数学一级学科博士学位授权点，可在数学一级学科下的所有二级学科授予博士学位。
数学研究所现有15个研究室，有基础数学、应用数学、计算数学、运筹学与控制论、概率论与数理统计、流体力学、课程与教学论等7个硕士点。现有硕士生361人，博士生130人，教师、科研人员150名，博士生导师47名(含兼职教授14名)、硕士生导师40名。
数学研究所一直把人才培养质量视为学位与研究生教育的生命线，重视对研究生科研能力的培养，获得全国优秀博士论文1篇，吉林省优秀博士论文7篇，每年除学校的学年奖学金外，有十多名研究生获得宝钢、中科院、香港求是基金等优秀研究生奖。与国内外多所知名大学建立了交流合作关系，每年都邀请国内外学者来校讲学或进行短期访问。每年有近五分之一的优秀研究生免试直接攻读博士学位。
数学学院与国内外学术团体保持密切联系，每年都邀请国外学者来校讲学或进行短期访问，同时也选派教师到国外访问或进修。毕业生和教师中已有200余人在国外攻读博士学位或工作，其中许多人已经获得博士学位，部分已归国工作。
学院设立了多项奖学金。除学校统一发放的优秀学生奖学金外，学院还设有数学基地奖学金，用以奖励学习成绩优秀的本科生和研究生。另外还设有多项企业赞助的奖学金，设立了爱心基金，以资助家庭困难的本科学生。
为开阔学生的视野，活跃学习气氛，提高学生解决实际问题的能力，我院定期邀请各方面的专家作专题系列报告，并开展多种形式的学术、文艺、体育和社会调查等活动，为学生进行课外科技活动创造良好的条件，同时每年都组织学生参加国际、国家和吉林省的数学建模竞赛。我院学生在各次竞赛中成绩优良，有数十人获得国际或全国数学建模竞赛一二等奖。
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