东南大学计算机科学与工程学院起源于1960年建立的解算装置及技术专业，曾自主研制我国第一台数字积分机，填补了国内空白，并成功地应用于国防现代化和工业自动化领域，取得了开创性成果。1960年开始招收本科生，1979年开始招收硕士研究生，1990年开始招收博士研究生。1981年建立计算机科学与工程系，2006年建立计算机科学与工程学院。
目前，学院下设计算机科学系、计算机工程系和影像科学与技术系，拥有计算机科学与技术一级学科博士点，包括计算机系统结构、计算机软件与理论、计算机应用技术全部3个二级学科博士点，以及图像处理与科学可视化博士点。计算机应用技术学科1994年被评为江苏省重点学科，1999年设立教育部长江特聘教授岗，2002年被评选为国家重点学科，2007年顺利通过国务院学位办组织的评估，成为新一轮的国家重点学科。计算机软件与理论2006年成为江苏省重点学科。2001年国家人事部批准建立了东南大学计算机科学与技术一级学科博士后流动站。
学院现有教职工120余人，拥有一支结构合理、充满朝气、以中青年教师为主的高水平师资队伍。其中，长江学者特聘教授1人，教育部跨世纪、新世纪人才7人，江苏省跨世纪学术带头人4人，江苏省333工程中青年首席科学家1人，江苏省333工程科技领军人才2人，江苏省333工程技术带头人2人，教育部青年骨干教师4人，江苏省优秀青年骨干教师5人，江苏省优秀教育工作者1人，教育部长江学者和创新团队发展计划 创新团队1个，博士生导师20人，教授26人，副教授39人。2011年3月，新聘中国工程院院士、我国著名电子和通信技术专家李幼平为全职教授。
学院建有计算机网络和信息集成教育部重点实验室、江苏省计算机网络技术重点实验室、江苏省网络与信息安全重点实验室、中法生物医学信息研究中心，以及国家863/CIMS网络与数据库工程实验室、中国教育科研网华东(北)地区网络中心等一批科研实验基地，还建有东南大学CIMS技术中心、影像科学与技术实验室、电子商务研究与开发中心、信息安全技术中心、未来网络研究中心等交叉学科研究机构。
学院注重加强科学研究，提高科技创新能力。近10年来，承担了各类科研项目共200多项，其中国家自然科学基金、国家973、国家863、国家科技攻关、教育部和江苏省等重要科研项目140多项，获得国际工业领先奖1项、国家科技进步奖8项、部省级奖20多项，在国内外著名的学术期刊和会议上发表论文1600多篇，其中SCI、EI、ISTP三大检索850多篇次。在ESI学科排名中，学院水平已进入全球前1%。
学院始终以培养高水平人才为目标，根据人才培养目标定位和社会人才需求，精心制定本科生和研究生培养计划，明确专业人才培养理念是强化基础、软硬结合、立足系统、面向应用、加强实践。计算机科学与技术专业成为首批江苏省品牌专业，并成为国家特色专业建设点，还通过了教育部组织的国家工程教育专业认证。计算机教学实验中心成为国家及江苏省教学实验示范中心建设点。数据库原理成为国家精品课程。
经过近五十年的建设，学院形成了以计算机网络技术为特色，整个学科协调发展、快速发展的局面，在学科地位、科研水平、教学质量、人才培养等方面居国内前列。2005年计算机应用技术学科名列全国第5，2007年计算机科学与技术学科名列全国第14。据中国科学评价研究中心发表的关于计算机科学与技术一级学科的评估报告，学院的本科生教育和研究生教育都被评为A+级，都名列全国第8。
十二五期间，学院将以学科建设为中心，大力加强科学研究、人才培养和国际合作，重点巩固并不断提升计算机应用技术国家重点学科水平，努力将计算机软件与理论发展成为国家重点学科，进一步优化和发展图像处理与科学可视化学科，积极发展计算机系统结构学科，整体推进计算机科学与技术一级学科国家重点学科建设，争取在ESI学科排名中进入全球前1%。构建一支规模适度、结构优化、领军人才突出、创新能力强、团结协作的师资队伍;不断增强科技创新能力，努力建设国家级研究与实验平台;参照国际标准，创新人才培养模式，大力提高人才培养质量;加强廉政建设，切实改善与提高师生员工的生活、学习和工作条件，调动各方面的积极性，建设和谐学院。
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