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在许多高校，硕士研究生的录取数量早已超过了本科生，部分985、211重点院校亦在其列。对于许多学校而言，它们并没有为硕士研究生扩招做好充分的教育资源准备，培养质量难以保证。相反科研院所招收的研究生一般都比较少，倍受诟病的一个导师带十几个研究生就很难发生在科研院所，所以学生获得的人均资源也会比较多。在基础设施上，科研院所专业研究条件也高于高校基础。另外其奖助程度也远高于高校，以电信科学技术研究院为例，其研究生在学期间获得的奖助金总额均为在学期间所缴纳学费的总额1-3倍，实现了公费制，奖助金的覆盖面为100%。更重要的是由于没有本科设置，所以科研院所不存在保护本校生的问题，相对高校招考会显得比较公正。同时在社会就业大潮的涌动之下，名校的毕业生或许也难就业，但是热门科研院所的毕业生的前途就可以用不可限量来形容了。比如就读财政部财政科学研究所，那么进财政部工作的机会就非常的大;就读商务部国际贸易经济合作研究院，那么进商务部工作的机会就非常的大;而中国人民银行研究生部(现在的清华大学五道口金融学院)在国内被称为银行行长和银行家的摇篮。
目前我国的独立研究院所有很多种，其中实力最强、名气最大、分布最广、数量最集中的是直属国务院的中科院、社科院两大科研系统中的各类研究所和研究中心。两大系统下属的各类研究机构遍布全国各地，几乎所有省份都设有其直属的研究机构，其中尤以北京最为集中。这两大系统是专为应对国家和社会发展的科研需求而设的，是国家的思想库和智囊团，为国家培养源源不断的研究型后备军团也是它们的重要任务之一。
另一种独立研究院所是直属国家各部委的，主要是为本部委和所属行业提供科研成果，同时也利用自身成熟而丰富的科研资源为本行业培养研究人才，如国家地震局的地球物理研究所。其中直属卫生部的中国医学科学院比较特别，它是我国唯一的国家级医科学术中心和综合性医学科研机构，与中国协和医科大学实行院校合一的管理体制，医科院为协和医大提供雄厚的师资和技术力量，协和医大为医科院培养高层次的人才，两者相互依托，优势互补，这样教研相长的的管理模式在我国也是独一无二的。
还有一种是直属各省市相关单位的研究机构，它们的级别低一些，规模小一些，但是研究方向更灵活、更有针对性，地域性也更强。它们在向所属省市政府和相关单位提供科研成果的同时，也为各自领域培养后续的研究力量，如北京市首都儿科研究所、广西民族医药研究所等。
此外，有些同样以科研为主、不招收本科生的研究院所或研究中心是设在高校内部的，它们归属于高校，并没有完全的独立性，但具有许多与独立院所相似的性质和特点，如清华大学核能与新能源技术研究院、山东大学文史哲研究院等。
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