五行学说在中医学领域中的应用，主要是运用五行的特性来分析和归纳人体的形体结构及其功能，以及外界环境各种要素的五行属性;运用五行的生克制化规律来阐述人体五脏系统之间的局部与局部、局部与整体，以及人与外界环境的相互关系;用五行乘侮胜复规律来说明疾病的发生发展的规律和自然界五运六气的变化规律，不仅具有理论意义，而且还有指导临床诊断、治疗和养生康复的实际意义。五行学说的应用，加强了中医学关于人体以及人与外界环境是一个统一整体的论证，使中医学所采用的整体系统方法更进一步系统化。
(四)用于疾病的治疗
五行学说在治疗上的应用，主要体现于药物、针灸、精神等疗法之中。
1.指导脏腑用药中药以色味为基础，以归经和性能为依据，按五行学说加以归类，这种归类是脏腑选择用药的参考依据。如青色、酸味入肝，用白芍，山茱萸等;赤色、苦味入心，用黄连，丹参等;黄色、甘味入脾，用甘草，白术等;白色、辛味入肺，用石膏，麻黄等;黑色、咸味入肾，用玄参，熟地等。这种归类是脏腑选择用药的参考依据。
2.控制疾病的传变运用五行子母相及和乘侮规律，可以判断五脏疾病的发展趋势，在治疗时，除对所病本脏进行处理外，还应考虑有关脏腑的传变关系。医|学教育网搜集整理《难经七十七难》：见肝之病，则知肝当传之于脾，故先实其脾气。就是肝气太过，木旺必克土，此时应先健脾胃以防其传变，脾胃不伤则病不传，治疗肝病则易于痊愈。应用五行生克乘侮理论阐述疾病传变规律，从而确定预防性治疗措施，防止疾病的传变。
3.确定治则和治法在确定治疗原则时，根据相生规律采取补母和泻子的方法。如滋水涵木法，即补益肝肾法，是通过滋补肾阴来养肝阴，适用于肝肾阴虚或肝阳偏亢之证;培土生金法，即补脾益肺法，是通过补益脾气来补肺气，适用于脾肺气虚证。也可以根据相克规律采取抑强和扶弱的方法，抑强主要用于太过引起的相乘和相侮，扶弱主要用于不及引起的相乘和相侮。如抑木扶土法，即疏肝健脾法，适用于木旺乘土或土虚木乘之证，如用于木旺乘土，则以抑木为主，扶土为辅，如用于土虚木乘之证，则应以扶土为主，抑木为辅。
4.指导针灸取穴在针灸疗法上，针灸医学将手足十二经四肢末端的穴位分属于五行，即井、荥、俞、经、合五种穴位分属于木、火、土、金、水。临床根据不同的病情以五行生克乘侮规律进行选穴治疗。
5.指导情志病的治疗情志属于五脏，五脏有生克关系，情志也有生克关系，临床上利用情志之间的制约关系来达到治疗疾病的目的。如怒伤肝，悲胜怒喜伤心，恐胜喜思伤脾，怒胜思忧伤肺，喜胜忧恐伤肾，思胜恐(《素问阴阳应象大论》)。即所谓以情胜情的治疗方法。
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