培养方向不同
根据我国的有关规定，普通硕士教育以培养教学和科研人才为主，授予学位的类型主要是学术型学位;而专业硕士是具有职业背景的硕士学位，为培养特定职业高层次专门人才而设置。
招生条件不同
专业硕士要求报考者有一定年限的工作经历，而普通硕士则不需要。绝大多数专业硕士还要求在职人员报考需经所在单位或相应管理部门的同意，有的甚至要求所在单位推荐等。
招生考试不同
对学生来说，普通硕士的招生考试只有年初的统考，而统考以外的专业考试则由各招生单位自行命题、阅卷。专业硕士的招生考试有10月份的联考和年初的统考两次机会，考生可以自行选择，而这两大国家级别的考试的专业考试，也由各招生单位自行命题、阅卷。
入学难度不同
全国硕士研究生入学统一考试(统考)完全是严进宽出的代表。据统计，报考2010年硕士研究生的人数达到140万人，较2009年增加了13%，招生人数为47.2万，录取比例为3:1。北大、清华、复旦等名牌大学，以及微电子、信息科学、生物医药、世界经济、国际金融等热门专业，由于报考者众多，录取率更低。据了解，一些名校热门专业的录取比例甚至为70：1。而一些二流学校的冷门专业却年年招不满。因此，入学难度取决于考生报考的学校和专业。专业硕士的招生考试有10月份的联考和年初的统考两次机会，考生可自行选择。这两大国家级别考试的专业考试，是由各招生单位自行命题、阅卷。不同专业的入学难度各不相同，热门专业相对难一些。例如，2004年上海复旦、交大、财大三所高校MBA的录取比例在6：1左右;2004年全国法律硕士录取率则不到10%。此外，联考和统考的难度也不一样，由于统考考生远多于联考考生，考试竞争激烈程度自然也大。不过，联考的考试虽容易，但录取时更看重申请者的工作背景和经验。
学习方式不同
普通硕士：全日制学习。一般为3年。
专业硕士：半脱产，学制2-3年。
学习费用不同
普通硕士录取为国家计划内(非定向、定向)的硕士生按国家规定享受免学费待遇(截止2014年)。
录取为国家计划外(委托培养、自筹经费)的硕士生须缴纳学费，一般为8000元/年，不同专业有所不同。对于自筹经费生、特困生等考生可通过申请国家助学贷款或者商业贷款缓解学费的压力。专业硕士学费按照不同专业类别差别较大。例如，MBA的学费要十几甚至几十万元，而工程硕士的学费一般为3-4万元。专业硕士学位一般不能申请国家助学贷款。
文凭颁发不同
与普通硕士不同，大多数专业硕士只授予学位证书，没有学历证书。但也有例外，例如工商管理硕士、法律硕士、临床医学硕士、建筑学硕士等，就同时颁发学位和学历证书。大体来看，统考生拿双证，联考生拿单证。
认可度不同
普通硕士：由于是全日制正规大学硕士毕业，拥有学历、学位双证，因此社会对这样的毕业生的认可度非常高。但企业在招聘时也会考虑到全日制硕士研究生的弱点：光有理论，经验不足。特别对于硕士专业与本科专业方向完全不同，又从无相关工作经验的求职者，企业会有所顾忌。建议这类毕业生通过实习、兼职或考职业证书来加强自身的竞争力。
专业硕士：参加1月份统考的MBA能拿双证，而工程硕士目前只能拿学位证，因此对专业硕士的市场认可程度略有差异。当然，随着近几年专业硕士种类不断增多，报考人数连年上升，因此人气带动了市场效应，其认可度和求职地位也逐渐上升，很多企业不再苛求学历证书，而是更关注专业学位证书本身的含金量。
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