各个企业的实际情况不同，出纳工作的组织内容也不尽相同，但无论哪一种形式，一般都要设置合理的出纳机构，配备必要的出纳人员，并建立各种内部工作规章制度等。
出纳机构一般设置在会计机构内部，如各企事业单位财务科、财务处内部设置专门处理出纳业务的出纳组、出纳室。《会计法》第二十一条第一款规定：各单位根据会计业务的需要设置会计机构，或者在有关机构中设置会计人员并指定会计主管人员。不具备条件的，可以委托经批准设立的会计咨询、服务机构进行代理记账。会计法对各单位会计、出纳机构与人员的设置并没有硬性规定，而是让企业根据自身情况和实际需要来设定。因此企业应结合自身经济活动的规模、特点、业务量的大小等进行机构设置和人员配置。
以工业企业为例，大型企业可在财务处下设出纳科;中型企业可在财务科下设出纳室;小型企业可在财务股下配备专职出纳员。有些主管公司，为了资金的有效管理和总体利用效益，把若干分公司的出纳业务(或部分出纳业务)集中起来办理，成立专门的内部结算中心。这种结算中心，实际上也是出纳机构。
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