深化科研经费管理制度改革，不仅着眼于经费管理，更要照顾到科研活动规律，需要在规范财政管理要求与符合科研活动规律之间不断寻求平衡点。
每年的审计报告都着重对科研经费存在的冒名领取、借壳套现、虚开发票等问题进行披露。据媒体报道，过去数年间，全国科研经费大概只有40%是真正用于科技研发的，60%都用于开会、出差等。
应该说，这些年来，我国对科研投入巨大，已成为仅次于美国的第二大科技经费投入大国。据国家统计局发布的《2014年全国科技经费投入统计公报》显示，2014年中国研发经费投入总量为13015.6亿元。一个常被援用、令人遗憾的事实是，研发投入与效益不匹配，两者呈现巨大落差无论是论文引用率，还是成果转化率，都难以让人满意。科技投入产出比失衡，成因很复杂，科技发展速度不是有投入就行，还与基础密切相关，后发国家科学基础薄弱，优势领域不多。在诸多不利因素中，科研经费使用效率又是一个掣肘，让公众最为恼火的莫过于跑冒滴漏。
科研经费管理松弛、使用不当，出现众多负面效果：有能耐拿到科研经费的，存在滥用、乱用甚至贪污风险。如浙江大学教授陈英旭，就因贪污945万余元于2014年被法院判处有期徒刑10年，一个知名环境领域专家就这样毁了。真正亟需科研经费支持的，又未必能顺利申请到。如不久前获得2016年突破奖的首位中国科学家王贻芳，大亚湾中微子大科学工程估算至少需要1.5亿元，但科研经费不过数百万元，王贻芳不得不一个一个找支持。更多情形，为让报销合乎财务规范，连买根试管都要填一堆单子，令不少科技工作者不得不耗费大量时间、精力去填财务报表，成为半个专业财会，浪费科研时间。最终结果，只要花钱不出问题，出不出科研成果反倒没那么重要了，这就是科研经费管理制度的异化。
一管就死，一放就乱几乎成为一个公共管理规律，科研经费管理也不例外。许多人对严格财务报销制度耿耿于怀，认为它是潘多拉盒子，但是，我们不妨假设，不问科研经费使用，只是拨一笔钱给科研机构了事，情况能否比现在更好?未必。制度与人性就像猫鼠游戏，没有制度的猫，人性就会变鼠，这几乎不需要证明。我国科研经费管理制度的最大问题也许不在报销，而在与科研活动规律不相适应，如见物不见人允许用于人员经费的支出比例偏低，难以体现科研人员的智力投入与知识价值。部分科研人员虚开各种各样发票套取专项资金，在某种意义上说，正是一种危险的纠偏。科学研究、科技创新，人是要素，尤其是奋战在线的科研人员，科研经费投入以及与科研相关的公共服务都要围绕科研人员展开，保障其专心且有尊严地从事科研活动，而非成天想着发票。
科研经费投入要体现科研人员的知识价值，更多用于智力购买，一是扭转要求科研人员无私奉献不讲价钱的旧观念，把科研经费的大部分用到科研人员身上，投入到人力脑力上，而非舍本逐末;二是注重结果管理，将科研投入管理从前端往后移，提出一个科研目标，给予一定的资金支持，最终以科研成果说话;三是赋予项目科研人员更大的经费支配权，科研经费具体怎么花钱由他们说了算，只要不贪污或挪用就行;四是去行政化，改变过去那种科研经费给谁不给谁基本由行政管理部门大小处长说了算的现象。
深化科研经费管理制度改革，不仅着眼于经费管理，更要照顾到科研活动规律。需要在规范财政管理要求与符合科研活动规律之间不断寻求平衡点，取得最大公约数，最终发挥财政资金在促进科技发展上的最大功效。
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