一、内设机构
办公室：办公室是关区政务工作的职能管理部门，与总署办公厅实行业务对口管理。主要负责关区业务综合调研；协调关区内各部门的工作，建立关内外联系；负责草拟总关工作总结、报告等综合材料；负责总关文稿审核、总值班、催办督办、安排关级行政会议及办公自动化管理工作；负责海关信息、对外宣传工作；负责文电资料的管理和保密工作；掌管总关印章；归口管理全关外事及口岸协调工作；办理关领导交办事务；同时承担部分行政后勤管理职能。
法规处：与总署政策法规司实行业务对口管理。主要负责关区法制工作、执行贸易管制措施、知识产权保护和商品归类的职能管理。承担行政复议、行政和民事诉讼、行政赔偿、重要合同的审核以及关区部分海关业务系统参数数据库的下载和维护；参与大要案的审理，处理纳税争议；对关区重大行政行为提供法律咨询与服务；开展海关业务政策法律法规的研究、宣传教育和咨询等。
管理处：管理处是关区业务运行和集中审单的职能管理部门，与总署管理司实行业务对口管理。承担报关单数据管理、上报、综合分析和作业参数、各类审单辅助决策参数维护、关区风险布控以及滞报金减免审批；负责海关作业单证的理单、归档、保管的监督指导工作。内设副处级的审单中心，从事集中审单和商品归类的执行操作，规范、协调关区各业务现场的审单工作 。
关税处：关税处是关区税收征管工作的职能管理部门，与总署关税司实行业务对口管理。主要负责组织实施本关区年度税收计划，对本关区税收征管工作进行检查、监督和评估；负责特定减免审批，办理滞纳金、监管手续费减免申请的审批或转报手续，负责减免税货物的后续管理；实施关区进出口货物的价格管理等工作。
监管处：监管处是关区物流监控的职能管理部门，与总署监管司实行业务对口管理。主要负责组织实施对海关监管场所、进出境运输工具、货物的实际监控工作；负责行邮物品的职能管理；负责对进出口企业及报关员管理工作；参与口岸开放验收或非开放地设立监管点的前期审核和验收；负责对保税仓库、出口监管仓库和其它海关监管场所的审批等工作。
综合统计处：综合统计处是关区进出口贸易和业务统计的职能管理部门，与总署综合统计司实行业务对口管理。主要负责实施海关统计制度，贸易统计和海关业务统计；管理和维护统计数据库以及统计数据的质量监督管理；开展统计宏观风险分析和执法评估以及海关业务运行动态的检测和预警分析；研究确定原产地标准事宜等。
技术处：技术处是关区科技工作的职能管理部门，与总署管理司（科技司）实行业务对口管理。主要负责关区作业及海关其它业务工作所需的技术开发和技术保障工作；负责关区信息网络、计算机、通讯、防伪等工作及各项技术设备的维护和管理。
稽查处：组织实施本关区进出口货物常规稽查、专项稽查和贸易调查、市场调查等项工作；组织实施本关区企业进出口行为规范和报关单位、报关员的管理工作；组织实施对本关区企业的分类管理和报关从业资格的处罚。
风险管理处：负责指导、协调推动本关区的风险管理工作，并组织实施本关区的风险分析监控工作。
人事教育处：人事教育处是关区人事公共事务和教育培训职能管理部门，与总署人事教育司实行业务对口管理。主要负责制定关区人事工作实施细则和管理办法；监督、检查、指导关区人事工作；负责关区海关机构设置、人员编制、干部分类管理、工作人员的录用、考核、任免、升降、交流、回避、辞职、辞退、离退休、人事争议的复议、复核、工资福利、工勤人员管理、老干部管理；负责安全保卫、干部教育培训以及企业报关员的培训和资格考试等工作。
财务处：财务处是关区财务工作和关产的职能管理部门，与总署财务装备司实行业务对口管理。主要负责拟订关区财务、基建和关产管理工作综合规划、年度工作计划以及各项财务管理制度和办法，并组织实施；负责编报关区各项经费预算、结算和会计报告；负责申领、分配、调度和管理各项经费；负责各项税费、罚没收入以及未结案变价款、保证金、抵押金、风险保证金、保释金的财务管理、缴库核销和会计核算工作，负责税费会计统计及各项财务职能管理等工作。
政工办（机关党办）：政工办（机关党办）是关区政治思想教育和党务工作的职能管理部门，与总署政工办（机关党办）实行业务对口管理。主要负责贯彻落实党的建设和干部队伍的思想政治工作的方针政策；研究制定关区思想政治工作规划、计划，对一定时期关区的理论学习、思想教育和精神文明建设作出安排；组织关区评先推优，并抓好先进典型的培养、宣传和推广工作；对关区党的思想、组织和作风建设作出规划、计划；健全并组织落实党建工作各项制度；负责指导和协调工会、共青团等群众工作，发挥好群众组织的桥梁纽带作用，开展健康、有益的文化活动；负责对关区的党群工作和思想政治工作实施监督、检查。
监察室：监察室是负责关区纪检、监察工作的职能管理部门，与驻署监察局实行业务对口管理。主要负责组织实施纪检、监察的法律法规，监督、检查、指导关区廉政建设工作；依法受理对监察对象的检举、控告、调查，并提出处理意见；负责受理监察对象不服纪律处分的申诉、复审和复核等工作。
督察内审处：督察审计室是负责关区审计、执法检查工作的职能管理部门，与总署督察办实行业务对口管理。主要负责研究制定关区督察审计工作计划，监督、指导关区督察审计工作；审计关区海关经费、预算外资金、查私办案费、税费征管、罚没收入、基建经费、维修经费、外汇等财政、财务收支情况；负责离任审计、立项审核以及联系、组织、协调接受外部审计事宜；承办总署督察办交办的各类专项审计等工作。
二、派驻机构
现场业务处：现场业务处是总关辖区内[海口（不含海口保税区）、琼山（不含美兰机场）、琼海、万宁、定安、澄迈、屯昌、临高等市县]的海关具体业务执行单位。主要承办辖区内进出境货物接单审核/征收税费、验估、查验、放行、结关、理单等业务的实际操作手续，实施对进出境运输工具、货物、海关监管场所、转关运输等的实际监控工作，承办辖区内邮递物品、加工贸易合同备案、核销、保税仓库、保税工厂实际监管以及海运行李物品、分离运输行李物品、免税物品出入库监管和核销等实际操作业务。
美兰机场办事处：美兰机场办事处的监管辖区为美兰机场，主要负责空运货物、行李物品及辖区内监管仓库、免税店的监管。在辖区内开展接单审核/征收税费、验估、查验、放行、结关、理单等业务的实际操作手续；承办免税物品出入库监管和核销；实施对进出境运输工具、货物、海关监管场所、转关运输等的实际监控工作；开展打击走私工作，对辖区内设立海关监管场所和境内海关监管货物承运申请的受理、审核、上报等。
三、隶属机构
海口海关缉私局：海口海关缉私局按照总署缉私局、海口海关对缉私工作的统一部署和指挥，负责对本关区海上、陆上走私犯罪案件侦查、拘留、执行逮捕、预审和走私违规及其它行政违法案件的查处工作，行使刑事、行政执法职能。
洋浦经济开发区海关：洋浦经济开发区海关的业务管辖范围为儋州市和洋浦经济开发区，对外挂洋浦经济开发区海关、洋浦海关两块牌子，由洋浦经济开发区海关统一负责各项业务工作。主要在辖区内对进出境运输工具、货物、物品等实施监管；对准许进出口的货物、进出境的物品征收关税和其他税、费；开展打击走私违法犯罪活动；审核、上报海关统计数据；办理其他海关事务。
海口保税区海关（筹）：海口保税区海关的业务管辖范围为海口保税区，主要负责辖区内的接单审核/征收税费、验估、查验、放行、结关、理单等业务的实际操作手续，实施对进出境货物、海关监管场所、转关运输等的实际监控工作；开展稽查工作；办理辖区内报关注册备案业务；负责辖区内的前期审批、备案、物流监控及加工贸易、保税监管等实际操作业务和后续管理工作。
八所海关：八所海关的业务管辖区域为东方、昌江、白沙等市县，是海关进出境监督管理职能的基本执行单位。主要在辖区内开展接单审核/征收税费、验估、查验、放行、结关、理单等业务操作手续；具体实施对进出境运输工具、货物、加工贸易、海关监管场所、转关运输等的实际监控工作；承办免税物品出入库监管和报核；开展打击走私及稽查工作；办理辖区内报关注册备案业务；承办辖区内设立海关监管场所和境内海关监管货物承运申请的受理、审核、上报；受理辖区内特定减免税货物的申请、审核、上报，并负责实施减免税货物的后续管理等工作。
三亚海关：三亚海关的业务管辖区域为三亚、通什、陵水、保亭、乐东、琼中等市县，是海关进出境监督管理职能的基本执行单位。主要在辖区内开展接单审核/征收税费、验估、查验、放行、结关、理单等业务操作手续；具体实施对进出境运输工具、货物、加工贸易、海关监管场所、转关运输等的实际监控工作；承办免税物品出入库监管和报核；开展打击走私及稽查工作；办理辖区内报关注册备案业务；承办辖区内设立海关监管场所和境内海关监管货物承运申请的受理、审核、上报；受理辖区内特定减免税货物的申请、审核、上报，并负责实施减免税货物的后续管理等工作。下设副处级驻凤凰国际机场办事处，负责辖区内行李物品、分离运输行李物品监管的实际操作业务。
清澜海关：清澜海关的业务管辖区域为文昌市,是海关进出境监督管理职能的基本执行单位。主要在辖区内开展接单审核/征收税费、验估、查验、放行、结关、理单等业务操作手续；具体实施对进出境运输工具、货物、加工贸易、海关监管场所、转关运输等的实际监控工作；承办免税物品出入库监管和报核；开展打击走私及稽查工作；办理辖区内报关注册备案业务；承办辖区内设立海关监管场所和境内海关监管货物承运申请的受理、审核、上报；受理辖区内特定减免税货物的申请、审核、上报，并负责实施减免税货物的后续管理等工作。
四、事业单位
数据分中心：负责本地区电子口岸应用项目及联网企业的技术支持、操作培训、热线值班，及时收集、报告项目运行情况及各方反映；负责本地区用户集中托管服务器的运行、维护管理；承办本地区政务卡、企业卡的录入、制作等项工作；办理本地区电子口岸系统服务业务；承办数据中心交办的其他事项。
机关服务中心：仍按国办发[1998]147号及中编办[1993]33号文件执行，是海口海关直属事业单位，具有企事业法人资格，主要负责全关后勤行政服务和经营业务等工作。
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