主要职能：
（一）负责贯彻实施党和国家有关卫生工作的方针、政策和法律、法规；起草有关卫生行政管理的规范性文件，经审定后组织实施；研究制订全市卫生事业发展规划；研究提出卫生资源配置标准，制订并监督实施区域卫生规划；负责管理卫生信息。
（二） 依法履行卫生全行业管理职能和卫生行政监督职能；依法监督管理传染病防治和食品、职业、环境、劳动、学校、放射、饮水、公共场所等卫生及献血工作；监督管理医疗卫生机构的医疗、服务质量。
（三）依据卫生法律法规，依法对各级各类医疗卫生机构和卫生人员进行监督管理和监督执法；打击非法行医、整顿医疗秩序以及规范医疗广告等市场行为；普及卫生法律法规知识；负责卫生行政处罚听证、卫生行政复议、行政诉讼和对卫生执法的监督。
（四）贯彻中西医并重方针，积极发展我市中医药事业，负责中医药的继承、创新及中西医结合工作，促进现代医学和传统医学共同发展。
（五）指导、监督和管理全市社区卫生服务、农村卫生服务、初级卫生保健、妇幼保健工作；防治危害妇女、儿童健康的疾病；实施母婴保健专项技术服务；与计划生育部门紧密配合，根据各自职责，围绕生育、节育、不育共同做好计划生育技术服务和生殖保健服务。
（六）制订全市医学科技和教育发展规划；组织重大医药卫生科研攻关项目的实施；组织指导医学技术成果的转化和推广应用新技术、新项目，促进医学学术交流；积极培养医疗卫生人才，组织全市全科医学教育和中、高等医学职业教育工作。
（七）研究指导医疗卫生机构改革；负责医疗机构分类管理；督促医疗机构加强内部的药品和医疗器械管理；会同有关部门规范管理医疗机构药品及器械招标采购工作；负责医疗预防保健机构中的药品不良反应监测工作；负责医疗机构中剧、麻、毒、精神药品的管理工作。
（八）负责上级领导及重要外宾医疗、卫生保健工作。
（九）贯彻实施《中华人民共和国执业医师法》和《护士管理办法》，负责执业医师和执业护士资格认定、考试和执业资格的监督管理。
（十）制订卫生人才发展规划，有计划培养和引进高素质卫技和管理人才；开展卫技人员职称评审、审核上报和组织协调卫技职务资格考试；审核医疗卫生单位编制定员；制订并实施卫生人员职业道德规范。
（十一）指导组织医学卫生方面的对外合作交流活动，加强医疗卫生技术的国际合作，负责医疗卫生援外、援藏、援疆审报等工作。
（十二）研究我市卫生经济发展战略，监督医疗卫生单位国有资产和财务收支工作；指导、督促全市卫生统计工作。
（十三）承担爱国卫生运动委员会、初级卫生保健委员会、地方病防治领导小组、干部保健和献血工作。
（十四）参与全市城镇职工基本医疗保险制度改革和定点医疗机构管理办法、服务设施范围、支付标准、项目收费标准的制订。
（十五）负责管理医疗卫生事业单位和医疗卫生学术团体。
（十六）承办市政府交办的其他事项
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