南通市水利局职能介绍：
（一）贯彻执行国家和省有关水利方面的方针政策和法律法规，制定全市水利管理政策措施并监督实施。
（二）组织拟订全市水利现代化建设总体规划、水利中长期发展规划和年度计划，组织编制区域水利综合规划和防洪、水资源保护、水土保持、河道整治等专业规划，并监督实施。组织对有关国民经济总体规划、城市规划及重大建设项目的水资源和防洪的论证工作。
（三）负责市水利建设资金的计划、使用、管理及内部审计监督。研究提出有关水利的价格、收费、税收、信贷、财务等方面的意见和建议。指导市水利国有资产的监督管理工作。
（四）统一管理和保护全市水资源。组织拟订全市水中长期供求规划、水量分配方案并监督实施。拟订节约用水政策，编制节约用水规划及有关标准，指导和推动节水型社会建设工作。
（五）编制水资源保护规划。组织水功能区的划分和监督实施，监测江河的水量、水质，审定水域纳污能力，提出限制排污总量的意见。指导饮用水水源保护工作，指导地下水开发利用和城市规划区地下水资源管理保护工作。指导入河排污口设置并参与水环境保护。
（六）组织、指导水政监察和水行政执法工作，查处重大涉水违法事件，协调水事纠纷。负责长江河道采砂管理和监督检查工作。
（七）组织实施重要水利工程建设和质量监督。指导水利建设市场的监督管理，编制、审查重点水利基本建设项目建议书和可行性报告。依法负责水利行业安全生产工作。
（八）指导全市各类水利设施、水域及其岸线的管理与保护。负责管理区域性的重要水利工程。对全市水利工程实行行业管理。
（九）负责防治水旱灾害，组织、协调、监督、指挥全市防汛防旱工作。负责城市防洪工作，对骨干河道和重要水利工程实施防汛防旱调度及引江调水工作。
（十）指导全市农村水利工作。组织协调农田水利基本建设，指导农村饮水安全、乡镇供水、河道疏浚整治、节水灌溉、机电排灌等工程建设与管理工作。指导全市农村水利服务体系建设。指导全市水土保持和水土流失综合防治工作。
（十一）负责水利科技工作。组织水利科学技术的研究和推广。指导水利信息化工作。
（十二）承办市政府交办的其他事项。
南通市水利局内设机构职能介绍：
根据上述职责，市水利局设6个内设机构：
（一）办公室
负责机关公文处理、信息宣传、督查督办、政务公开、机要保密、建议提案、史志年鉴、信访、档案和固定资产管理工作；负责思想政治和宣传教育工作；负责机关和所属单位的机构编制、组织人事、劳动工资、教育培训、队伍建设及机关内部规章制度建设；组织指导全市水利专业技术职务评聘及专家工作；指导全市水利系统安全生产工作；负责机关离退休干部管理服务工作。
（二）财务审计处
指导水利系统财务会计和内部审计工作；负责编制市级水利部门预算并监督执行；研究提出有关水利的价格、收费、税收及筹资等方面建议；负责市级水利资金的计划、使用、管理及监督；指导市水利系统国有资产的监督管理工作；指导直属单位的财务管理工作；负责直属单位内部审计工作。
（三）水资源处（政策法规处）
负责水利规范性文件的拟订、备案并监督实施；指导水利行政许可和水行政执法工作；承办局行政复议、行政诉讼和行政赔偿工作；负责重大水事纠纷的调处；负责全市水资源统一管理、保护和监督工作；组织实施取水许可、水资源论证、排污口设置论证和水资源有偿使用制度；组织开展水资源调查、评价和水功能区监测工作；组织拟订全市水资源中长期供求计划、年度取水总量控制计划和水量分配方案并监督实施；组织监测地表水和地下水水质、水量，发布全市水资源公报和水功能区水质监测报告；核定水域纳污能力，提出限制排污总量建议；指导入河排污口设置工作；负责计划用水并监督节约用水工作；指导水生态保护与修复工作；负责地下水的管理和保护，指导地下水开发利用。
（四）规划与建设处
拟订全市水利发展规划，组织编制区域水利综合规划、专业规划、专项规划并监督实施；负责水工程建设规划同意书制度的实施；组织审查大中型水利建设项目建议书、可行性研究报告；指导全市水利基本建设管理工作；负责全市规模以上水利工程建设项目招标、投标活动的监督管理工作；指导全市水利行业施工、监理、勘测、设计、咨询等行业管理工作；负责水利综合统计工作。
（五）防汛防旱处
组织、协调、监督、指导全市防汛防旱工作；承担市防汛防旱指挥部的日常工作；编制全市防洪防台预案，对全市主要河道和水利工程实施水情调度；负责组织引江调水规划的实施、督查、考核工作。
（六）农村水利处（科技处）
编制全市农村水利中长期规划和年度计划；组织协调农田水利基本建设，指导节水灌溉、机电排灌、乡镇供水、河道疏浚整治、农村饮水安全等工程建设与管理工作；组织指导农村水利社会化服务体系建设；指导全市水土保持工作，组织编制水土保持规划和计划并组织实施；负责水土流失的监测和综合防治工作；负责市规模以上建设项目水土保持方案的审批、监督实施及水土保持设施的验收工作；负责编制市水利科学技术发展规划；负责水利科技项目和科技成果管理工作，组织重大水利科学技术研究、技术引进和成果推广；指导全市水利科技和水利信息化工作。
另按有关规定设立机关党委。
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