截至2013年12月，该校拥有拥有31个博士学位授权一级学科，50个硕士学位授权一级学科。有5个一级学科和9个二级学科国家级重点学科(涵盖38个二级国家重点学科)，26个博士后流动站，9个国家人才培养基地。此外，哲学等46个一级学科被确定为福建省重点学科，理论经济学等17个一级学科被确定为福建省特色重点学科 。
一级学科博士学位授权点
哲学、理论经济学、应用经济学、法学、政治学、教育学、中国语言文学、外国语言文学、新闻传播学、考古学、中国史、世界史、数学、物理学、化学、海洋科学、生物学、生态学、统计学、机械工程、仪器科学与技术、材料科学与工程、电子科学与技术、信息与通信工程、计算机科学与技术、化学工程与技术、环境科学与工程、管理科学与工程、工商管理、公共管理、戏剧与影视学
一级学科硕士学位授权点
哲学、理论经济学、应用经济学、法学、政治学、社会学、教育学、中国语言文学、外国语言文学、新闻传播学、考古学、中国史、世界史、数学、物理学、化学、海洋科学、生物学、生态学、统计学、力学、机械工程、光学工程、仪器科学与技术、材料科学与工程、电子科学与技术、信息与通信工程、建筑学、土木工程、计算机科学与技术、化学工程与技术、航空宇航科学与技术、生物医学工程、软件工程、环境科学与工程、基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、药学、中医学、管理科学与工程、工商管理、公共管理、戏剧与影视学、音乐与舞蹈学、美术学、艺术学理论、设计学
专业硕士学位点
工程硕士、翻译硕士、法律专业硕士、工商管理、高级经理、会计专业硕士、物流工程、项目管理、公共管理硕士、社会工作硕士和教育硕士等
一级学科国家重点学科
理论经济学(0201)、应用经济学(0202)、化学(0703)、海洋科学(0707)、工商管理(1202)
二级学科国家重点学科
国际法学(030109)、高等教育学(040106)、专门史(060105)、基础数学(070101)、凝聚态物理(070205)、动物学(071002)、水生生物学(071004)、细胞生物学(071009)、环境科学(083001)
福建省特色重点学科
理论经济学、应用经济学、法学、教育学、中国语言文学、中国史、物理学、生态学、统计学、仪器科学与技术、材料科学与工程、化学工程与技术、环境科学与工程、基础医学、管理科学与工程、工商管理、公共管理
福建省省级重点学科
哲学、理论经济学、应用经济学、法学、政治学、社会学、民族学、教育学、中国语言文学、外国语言文学、新闻传播学、考古学、中国史、世界史、数学、物理学、化学、海洋科学、生物学、生态学、统计学、机械工程、仪器科学与技术、材料科学与工程、电子科学与技术、信息与通信工程、控制科学与工程、计算机科学与技术、建筑学、土木工程、化学工程与技术、航空宇航科学与技术、环境科学与工程、生物医学工程、软件工程、基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、药学、管理科学与工程、工商管理、公共管理、音乐与舞蹈学、戏剧与影视学、美术学、设计学
博士后流动站
社会学、控制科学与工程、仪器科学与技术、管理科学与工程、数学、应用经济学、工商管理、法学、中国语言文学、理论经济学、哲学、环境科学与工程、物理学、教育学、考古学、中国史、海洋科学、生物学、新闻传播学、材料科学与工程、公共管理、化学工程与技术、生态学、信息与通信工程
学科排名
2013年，在教育部学位与研究生教育发展中心公布了第三轮全国学科评估中，该校有5个一级学科进入了前五名，分别为海洋科学、统计学、应用经济学、民族学、工商管理;另有11个学科进入了前十名，分别为教育学、戏剧与影视学、化学、理论经济学、中国史、世界史、法学、外国语言文学、考古学、生态学、公共管理 。
国际影响力
据 ESI 数据库2013年11月公布的统计结果显示，该校共有8个学科进入 ESI 全球前1%，分别是：化学、工程学、材料科学、临床医学、植物与动物科学、生物与生物化学、环境与生态学、物理学，其中化学进入全球1 。
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